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 La carte génétique des cancers.

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Denis
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MessageSujet: Re: La carte génétique des cancers.   Sam 24 Sep 2016 - 9:24

The new map breaks away from the old way of studying genes one at a time, showing how genes interact in groups to shed light on the genetic roots of diseases.

Researchers at the University of Toronto's Donnelly Centre have created the first map that shows the global genetic interaction network of a cell. It begins to explain how thousands of genes coordinate with one another to orchestrate cellular life.

The study was led by U of T Professors Brenda Andrews and Charles Boone, and Professor Chad Myers of the University of Minnesota-Twin Cities. It opens the door to a new way of exploring how genes contribute to disease with a potential for developing finely-tuned therapies. The findings are published in the journal Science.

"We've created a reference guide for how to chart genetic interactions in a cell," said Michael Costanzo, a research associate in the Boone lab and one of the researchers who spearheaded the study. "We can now tell what kind of properties to look for in searching for highly connected genes in human genetic networks with the potential to impact genetic diseases."

The study took 15 years to complete and adds to Andrews' rich scientific legacy for which she was awarded a Companion of the Order of Canada.

Read more about Andrews' and Boone's research

Just as societies in the world are organized from countries down to local communities, the genes in cells operate in hierarchical networks to organize cellular life. Researchers believe that if we are to understand what 20,000 human genes do, we must first find out how they are connected to each other.

Studies in yeast cells first showed the need to look farther than a gene's individual effect to understand its role. With 6,000 genes, many of which are also found in humans, yeast cells are a relatively simple but powerful stand-ins for human cells.

Read more about their work

Over a decade ago, an international consortium of scientists first deleted every yeast gene, one by one. They were surprised to find that only one in five were essential for survival. It wasn't until last year that advances in gene-editing technology allowed scientists to tackle the equivalent question in human cells. It revealed the same answer: a mere fraction of genes are essential in human cells too.

These findings suggested most genes are "buffered" to protect the cell from mutations and environmental stresses. To understand how this buffering works, scientists had to ask if cells can survive upon losing more than one gene at a time, and they had to test millions of gene pairs.

Andrews, Boone and Myers led the pioneering work in yeast cells by deleting two genes at a time in pair combinations. They were trying to look for gene pairs that are essential for survival. This called for custom-built robots and a state-of-the-art automated pipeline to analyse almost all of the mind-blowing 18 million different combinations.

The yeast map identified genes that work together in a cell. It shows how, if a gene function is lost, there's another gene in the genome to fill its role. Consider a bicycle analogy: a wheel is akin to an essential gene -- without it, you couldn't ride the bike. But front brakes? Well, as long as the back brakes are working, you might be able to get by. But if you were to lose both sets of brakes, you are heading for trouble.

Geneticists say that front and back brakes are "synthetic lethal," meaning that losing both -- but not one -- spells doom. Synthetic lethal gene pairs are relatively rare, but because they tend to control the same process in the cell, they reveal important information about genes we don't know much about. For example, scientists can predict what an unexplored gene does in the cell simply based on its genetic interaction patterns.

It's becoming increasingly clear that human genes also have one or more functional backups. So researchers believe that instead of searching for single genes underlying diseases, we should be looking for gene pairs. That is a huge challenge because it means examining about 200 million possible gene pairs in the human genome for association with a disease.

Fortunately, with the know-how from the yeast map, researchers can now begin to map genetic interactions in human cells and even expand it to different cell types. Together with whole-genome sequences and health parameters measured by new personal devices, it should finally become possible to find combinations of genes that underlie human physiology and disease.

"Without our many years of genetic network analysis with yeast, you wouldn't have known the extent to which genetic interactions drive cellular life or how to begin mapping a global genetic network in human cells," said Boone, who is also a professor in U of T's molecular genetics department and a co-director of the Genetic Networks program at the Canadian Institute for Advanced Research (CIFAR) and holds Canada Research Chair in Proteomics, Bioinformatics and Functional Genomics. We have tested the method to completion in a model system to provide the proof of principle for how to approach this problem in human cells. There's no doubt it will work and generate a wealth of new information."

The concept of synthetic lethality is already changing cancer treatment because of its potential to identify drug targets that exist only in tumour cells. Cancer cells differ from normal cells in that they have scrambled genomes littered with mutations. They're like a bicycle without a set of brakes. If scientists could find the highly vulnerable back-up genes in cancer, they could target specific drugs at them to destroy only the cells that are sick, leaving the healthy ones untouched.

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La nouvelle carte se détache de l'ancienne façon d'étudier les gènes un à la fois, en montrant comment les gènes interagissent en groupes pour faire la lumière sur les origines génétiques des maladies.

Des chercheurs de l'Université du Centre Donnelly  de Toronto ont créé la première carte qui montre le réseau d'interaction génétique globale d'une cellule. Cela commence à expliquer comment des milliers de gènes se coordonnent entre eux pour orchestrer la vie cellulaire.

L'étude a été menée par les professeurs Brenda Andrews et Charles Boone de l'Université de Toronto, et le professeur Tchad Myers de l'Université du Minnesota. Il ouvre la porte à une nouvelle façon d'explorer comment les gènes contribuent à la maladie avec un potentiel pour le développement de thérapies finement réglées. Les résultats sont publiés dans la revue "Science".

«Nous avons créé un guide de référence pour savoir comment tracer les interactions génétiques dans une cellule", a déclaré Michael Costanzo, un associé de recherche dans le laboratoire de Boone et l'un des chercheurs qui a dirigé l'étude. "Nous pouvons maintenant dire quel genre de propriétés est à rechercher lorsqu'on recherche des gènes fortement connectés à des réseaux génétiques humains avec le potentiel d'avoir un impact sur des maladies génétiques."

L'étude a pris 15 ans pour se compléter et ajoute à la richesse de l'héritage scientifique de Andrews pour lequel elle a reçu le prix de Compagnon de l'Ordre du Canada.

En savoir plus sur la recherche de Andrews et Boone

Tout comme les sociétés du monde sont organisés des pays vers les communautés locales, les gènes dans les cellules fonctionnent dans les réseaux hiérarchiques pour organiser la vie cellulaire. Les chercheurs croient que si nous voulons comprendre ce que 20.000 gènes humains font, nous devons d'abord savoir comment ils sont reliés les uns aux autres.

Les études dans les cellules de levure ont d'abord montré la nécessité de regarder plus loin que l'effet individuel d'un gène pour comprendre son rôle. Avec 6000 gènes, dont beaucoup se trouvent aussi chez les humains, les cellules de levure ont un nombre relativement simples mais représentent un puissant modèle pour les cellules humaines.

En savoir plus sur leur travail

Il y a plus d'une décennie, un consortium international de scientifiques ont d'abord supprimé tous les gènes de levure, un par un. Ils ont été surpris de constater que seulement un gène sur cinq étaient essentiels pour la survie. Il a fallu attendre l'année dernière que les progrès de la technologie génétique d'édition permette aux scientifiques d'aborder la question équivalente dans les cellules humaines. La même réponse a été révélée : une simple fraction de gènes sont essentiels dans les cellules humaines aussi.

Ces résultats suggèrent que la plupart des gènes sont des "tampons" pour protéger la cellule des mutations et des contraintes environnementales. Pour comprendre comment l'idée du tampon fonctionne, les scientifiques ont dû se demander si les cellules peuvent survivre après avoir perdu plus d'un gène à la fois, et ils ont dû tester des millions de paires de gènes.

Andrews, Boone et Myers ont conduit le travail de pionnier dans les cellules de levure en supprimant deux gènes à la fois dans les combinaisons de paires. Ils essayaient de chercher des paires de gènes qui sont essentiels pour la survie. Cela demande des robots sur mesure et un pipeline  automatisé pour analyser la quasi-totalité des 18 millions de combinaisons différentes.

La carte de levure a identifié les gènes qui travaillent ensemble dans une cellule. Il montre comment, si une fonction de gène est perdu, il y a un autre gène dans le génome pour remplir son rôle. Considérons une analogie avec une bicyclette: une roue est semblable à un gène essentiel - sans elle, on ne pouvait pas faire du vélo. Mais les freins avant? Eh bien, aussi longtemps que les freins arrière fonctionnent, vous pourriez être en mesure d'obtenir par la fonction par ceux-ci. Mais si vous deviez perdre les deux ensembles de freins, vous auriez des ennuis.

Les généticiens disent que les freins avant et arrière sont «synthétiquement létale», ce qui signifie que perdre les deux à la fois - mais pas un seul - amène de gros ennuis. Les paires de gènes létaux synthétiques sont relativement rares, mais parce qu'ils ont tendance à contrôler le même processus dans la cellule, ils révèlent des informations importantes sur les gènes dont nous ne savons pas grand-chose. Par exemple, les scientifiques peuvent prédire ce qu'un gène inexplorée fait dans la cellule en se basant simplement sur ses modèles d'interaction génétiques.

Il devient de plus en plus clair que les gènes humains ont également une ou plusieurs fonctions de sauvegardes. Ainsi, les chercheurs croient que, au lieu de rechercher des gènes uniques sous-jacents des maladies, nous devrions rechercher des paires de gènes. Voilà un défi énorme parce que cela signifie examiner environ 200 millions de paires possibles de gènes dans le génome humain pour l'association avec une maladie.

Heureusement, avec le savoir-faire de la carte de la levure, les chercheurs peuvent maintenant commencer à cartographier les interactions génétiques dans les cellules humaines et même l'étendre à différents types de cellules. Ensemble, avec des séquences du génome entier et les paramètres de santé mesurés par de nouveaux appareils personnels, il devrait enfin devenir possible de trouver des combinaisons de gènes qui sous-tendent la physiologie humaine et de la maladie.

«Sans nos nombreuses années d'analyse de réseau génétique avec la levure, on aurait pas su dans quelle mesure les interactions génétiques conduisent la vie cellulaire ou comment commencer la cartographie d'un réseau génétique mondiale dans les cellules humaines," dit Boone, qui est aussi un professeur de la génétique moléculaire du département de l'université de Toronto et co-directeur du programme Réseaux génétiques à l'Institut canadien de recherches avancées (ICRA) et titulaire de la Chaire de recherche du Canada en protéomique, bioinformatique et génomique fonctionnelle. Nous avons testé le procédé de  réalisation dans un système de modèle pour fournir la preuve de principe de la façon d'aborder ce problème dans les cellules humaines. Il ne fait aucun doute que ça va marcher et générer une richesse de nouvelles informations ".

Le concept de létalité synthétique est déjà en train de changer le traitement du cancer en raison de son potentiel d'identifier des cibles de médicaments qui existent uniquement dans les cellules tumorales. Les cellules cancéreuses se distinguent des cellules normales en ce qu'elles ont des génomes brouillées parsemés de mutations. Ils sont comme une bicyclette sans un ensemble de freins. Si les scientifiques pouvaient trouver les gènes de remplacement très vulnérables dans le cancer, ils pourraient cibler des médicaments spécifiques sur eux pour détruire uniquement les cellules qui sont malades, laissant les saines intacts.

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Denis
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MessageSujet: Re: La carte génétique des cancers.   Ven 22 Juil 2016 - 23:38

In an effort to expand the number of cancer gene mutations that can be specifically targeted with personalized therapies, researchers at University of California San Diego School of Medicine and Moores Cancer Center looked for combinations of mutated genes and drugs that together kill cancer cells. Such combinations are expected to kill cancer cells, which have mutations, but not healthy cells, which do not. The study, published July 21 in Molecular Cell, uncovered 172 new combinations that could form the basis for future cancer therapies.

"Oncologists here at Moores Cancer Center at UC San Diego Health and elsewhere can often personalize cancer therapy based on an individual patient's unique cancer mutations," said senior author Trey Ideker, PhD, professor of genetics at UC San Diego School of Medicine. "But the vast majority of mutations are not actionable -- that is, knowing a patient has a particular mutation doesn't mean there's an available therapy that targets it. The goal of this study was to expand the number of mutations we can pair with a precision therapy."

Most cancers have gene mutations that do one of two things -- promote cell growth or prevent cell death. The first type is the target of many therapies, which inhibit cell growth. But it's much harder to develop therapies that restore malfunctioning genes that should be triggering cell death in abnormal cells, known as tumor-suppressor genes.

Rather than target a tumor-suppressor gene directly, Ideker and team took the approach of identifying genetic interactions between a tumor suppressor gene and another gene, such that simultaneous disruption of both genes selectively kills cancer cells.

The researchers first used yeast to quickly and cheaply screen 169,000 interactions between yeast versions of human tumor-suppressor genes and genes that can be inhibited with drugs, sometimes called "druggable" targets. To do this, they deleted each gene one at a time, in combination with another mutation. Those experiments whittled down the best combinations -- those lethal to the yeast cells -- to a few thousand.

Next the team prioritized 21 drugs for which the yeast druggable targets were involved in the greatest number of cell-lethal interactions. They tested these drugs one at a time for lethal interaction with 112 different tumor-suppressor gene mutations in human cancer cells growing in the lab.

The researchers ended up with 172 drug-gene mutation combinations that successfully killed both yeast and human cancer cells. Of these combinations, 158 had not been previously discovered.

Here's one example of how this information might be useful for doctors and patients: Irinotecan is a drug only indicated by the FDA for use in colon cancer. But this study suggests that this class of drugs should be evaluated for efficacy in any tumor with a mutation that inhibits RAD17, a tumor-suppressor gene that normally helps cells fix damaged DNA.

The next steps will be to test these combinations in more human cancer cell types and eventually in mouse models. But 172 combinations is a lot, more than a single lab can test, the researchers say. They hope other research teams will also take their list and further test each combination in a variety of conditions. To help spread this information to scientists around the world, all of the data from this study has been made freely available on NDEx , a new network data-sharing resource developed by Ideker and UC San Diego School of Medicine data scientist Dexter Pratt.

"We've created an important translational research resource for other scientists and oncologists," said co-first author John Paul Shen, MD, clinical instructor and postdoctoral fellow at UC San Diego School of Medicine and Moores Cancer Center. "And since many of the cancer-killing interactions we discovered involve already FDA-approved drugs, it may mean they could reach clinical translation rapidly. If these results are validated in subsequent testing, in the future an oncologist will have many more options for precision cancer therapy."

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Dans un effort pour augmenter le nombre de mutations génétiques du cancer qui peuvent être spécifiquement ciblées avec des thérapies personnalisées, des chercheurs de l'Université de Californie à San Diego School of Medicine et du Moores Cancer Center cherchaient des combinaisons de gènes mutés et de médicaments qui mis ensemble tuent des cellules cancéreuses. De telles combinaisons sont attendus pour tuer les cellules cancéreuses, qui présentent des mutations, mais pas sur les cellules saines, qui n'en ont pas. L'étude, publiée le 21 Juillet dans Molecular Cell, a découvert 172 nouvelles combinaisons qui pourraient constituer la base pour de futures thérapies contre le cancer.

"Les oncologues ici au Moores Cancer Center à l'UC San Diego Santé et ailleurs peuvent souvent personnaliser le traitement du cancer basé sur des mutations cancéreuses uniques de chaque patient», a déclaré l'auteur principal Trey Ideker, PhD, professeur de génétique à l'UC San Diego School of Medicine. "Mais la grande majorité des mutations ne sont pas médicamentable -. ce qui veut dire, que de savoir qu'un patient a une mutation particulière ne signifie pas qu'il y a un traitement disponible qui cible cette mutation. Le but de cette étude était d'augmenter le nombre de mutations que nous pouvons jumeler avec une thérapie de précision ».

La plupart des cancers ont des mutations génétiques qui font l'une des deux choses - promouvoir la croissance cellulaire ou empêcher la mort cellulaire. Le premier type est l'objet de nombreuses thérapies qui inhibent la croissance des cellules. Mais il est beaucoup plus difficile de développer des thérapies qui restaurent le dysfonctionnement des gènes qui devraient déclencher la mort cellulaire dans les cellules anormales, appelées gènes suppresseurs de tumeur.

Plutôt que de cibler un gène suppresseur de tumeur directement Ideker et son équipe ont pris l'approche de l'identification des interactions génétiques entre un gène suppresseur de tumeur et un autre gène, de telle sorte que la perturbation simultanée des deux gènes tue sélectivement les cellules cancéreuses.

Les chercheurs ont utilisé en premier la levure pour dépister rapidement et à moindre coût 169.000 interactions entre les versions de levure des gènes suppresseurs de tumeur humains et les gènes qui peuvent être inhibées par des médicaments, parfois appelés "cibles druggable". Pour ce faire, ils ont supprimé chaque gène un à la fois, en combinaison avec une autre mutation. Ces expériences ont amenuisé les meilleures combinaisons - les létales pour les cellules de levure - à quelques milliers.

Ensuite l'équipe a priorisé 21 médicaments pour lesquels les cibles druggable de levure ont été impliqués dans le plus grand nombre d'interactions cellulaires létales. Ils ont testé ces produits un à la fois pour l'interaction létale avec 112 mutations différentes du gène suppresseur de tumeur dans des cellules cancéreuses humaines en croissance dans le laboratoire.

Les chercheurs se sont retrouvés avec 172 médicaments en combinaisons de mutation géniques qui ont tué avec succès à la fois la levure et des cellules cancéreuses humaines. Parmi ces combinaisons, 158 n'avaient pas été découvert auparavant.

Voici un exemple de la façon dont cette information pourrait être utile pour les médecins et les patients: Irinotecan est un médicament uniquement indiqué par la FDA pour une utilisation dans le cancer du côlon. Mais cette étude suggère que cette classe de médicaments doit être évaluée pour l'efficacité dans toute tumeur avec une mutation qui inhibe RAD17, un gène suppresseur de tumeur qui aide normalement les cellules qui fixent l'ADN endommagé.

Les prochaines étapes consisteront à tester ces combinaisons dans les types de cellules cancéreuses plus humaines et, éventuellement, dans les modèles de souris. Mais 172 combinaisons c'est beaucoup, plus d'un seul laboratoire peut tester, disent les chercheurs. Ils espèrent d'autres équipes de recherche prendront également leur liste et en outre testeront chaque combinaison dans une variété de conditions. Pour aider à diffuser cette information aux scientifiques du monde entier, toutes les données de cette étude a été rendue disponible gratuitement sur Ndex, une nouvelle ressource de partage de données réseau développé par Ideker et UC San Diego School of Medicine des données scientifiques Dexter Pratt.

«Nous avons créé une ressource de recherche translationnelle importante pour d'autres scientifiques et oncologues," a déclaré le co-premier auteur John Paul Shen, MD, instructeur clinique et stagiaire postdoctoral à l'UC San Diego School of Medicine et Moores Cancer Center. "Et puisque la plupart des interactions tuant le cancer que nous avons découvert impliquent des médicaments déjà approuvés par la FDA, cela peut signifier qu'ils pourraient atteindre rapidement la traduction clinique. Si ces résultats sont validés dans des tests ultérieurs, à l'avenir un oncologue aura beaucoup plus d'options pour le traitement de précision du cancer. "


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MessageSujet: Re: La carte génétique des cancers.   Jeu 30 Juin 2016 - 14:00

Tumor DNA is cluttered with genomic alterations, the vast majority of which have little or no functional or clinical relevance. This means that even when cancer researchers discover an alteration in a tumor or a line of cancer cells, the alteration may or may not be relevant to the progression of the disease -- chances are good (and history has shown) that many alterations that are correlated with cancer are not causative of cancer; many alterations are "passengers" rather than "drivers." A University of Colorado Cancer Center study published in the journal Cancer Research demonstrates a novel method for sorting passenger from driver alterations, and uses this method to pinpoint a new driver and potential therapeutic target in cancer progression, GON4L.

"Technology now allows us to fairly easily and inexpensively sequence the genomes of cancer cells. When we do, we find hundreds and perhaps thousands of genes altered. This work provides a method to identify likely cancer drivers among long lists of altered genes," says Dan Theodorescu, MD, PhD, director of the CU Cancer Center.

The innovation is in evaluating the impact these tumor gene alterations have not to tumor growth or patient outcomes, which is difficult to assess directly, but to a midpoint that reports on cancer progression.

"Many studies find that a gene is commonly altered in a population of cancer cells and then examine patient samples to see if higher gene levels are associated with worse clinical outcomes. If higher gene levels accompany poor patient outcomes, the gene is assumed to cause more aggressive disease. However, there are many steps between an altered gene and patient outcomes -- many factors other than the altered gene that could be driving outcomes," Theodorescu says.

Instead, Theodorescu and colleagues examined the functional impact of candidate gene alterations on a well-established clinical maker and, importantly, driver of tumor progression. High levels of this gene marker, CD24, are robustly associated with poor patient prognosis and drives cancer in experimental models. It is not present in healthy tissues, but gains expression in many cancers including breast, prostate, bladder, ovarian, colorectal and pancreatic. As a proxy for cancer progression, the current study examined the effect of candidate genes on CD24 expression.

The study started with 176 candidate genes found to be over-expressed due to copy number gains, gene expression or mutation in bladder cancer patients. Of these candidates, the study found that GON4L affected both CD24 expression and tumor progression. The study then looked at how GON4L drives CD24 expression and tumor growth, finding that it associates with cancer cell androgen receptors to signal cells to survive and grow.

"First, this work shows a new method to identify potential cancer drivers. Second, we use this strategy to suggest that anti-androgen therapies may benefit patients with high GON4L and androgen-receptor expression," Theodorescu says.

Theodorescu suggests that the technique can be easily adapted to use other surrogate markers of tumor progression that suits the scientific question being asked thus providing other researchers a useful way to determine the importance of candidate cancer drivers. He also suggests that further work with GON4L may lead to treatment options for patients across a range of cancer types.

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L'ADN de la tumeur est encombré avec des altérations génomiques, la grande majorité d'entre elles ont une pertinence fonctionnelle ou clinique ou pas. Cela signifie que même lorsque les chercheurs du cancer découvrent une altération dans une tumeur ou d'une lignée de cellules cancéreuses, la modification peut être ou ne pas être pertinents à la progression de la maladie - les chances sont bonnes (et l'histoire a montré) que de nombreuses modifications qui sont en corrélation avec le cancer ne sont pas causales du cancer; de nombreuses modifications sont des «passagers» plutôt que «pilotes». Une étude de l'Université du Colorado Cancer Center publiée dans la revue Cancer Research démontre une nouvelle méthode pour le tri passager de modifications du pilote, et utilise cette méthode pour identifier un nouveau pilote et une cible thérapeutique potentielle dans la progression du cancer: GON4L.

«La technologie nous permet maintenant assez facilement et à peu de frais de séquencer les génomes des cellules cancéreuses. Quand nous le faisons, nous trouvons des centaines et peut-être des milliers de gènes modifiés. Ce travail fournit une méthode pour identifier les conducteurs de cancer probables parmi une longue liste de gènes modifiés», dit Dan Theodorescu, MD, PhD, directeur du Centre du cancer CU.

L'innovation est dans l'évaluation de l'impact de ces altérations du gène de la tumeur qui n'ont pas d'effet sur la croissance tumorale ou les résultats des patients, ce qui est difficile à évaluer directement sans un point médian sur les rapports sur la progression du cancer.

«De nombreuses études constatent qu'un gène est généralement modifié dans une population de cellules cancéreuses et ensuite on examine les échantillons des patients pour voir si les niveaux de gènes plus élevés sont associés à des résultats cliniques plus graves. Si les niveaux de gènes plus élevés accompagnent de mauvais résultats des patients, le gène est supposé causer plus de maladie agressive. Cependant, il y a de nombreuses étapes entre un gène modifié et les résultats des patients - de nombreux facteurs autres que le gène modifié qui pourrait être le moteur de résultats ", dit Theodorescu.

Au lieu de cela, Theodorescu et ses collègues ont examiné l'impact fonctionnel des altérations du gène candidat sur un marqueur clinique bien établie et, surtout, le pilote de la progression tumorale. Des niveaux élevés de ce gène marqueur, CD24, sont solidement associés à un mauvais pronostic du patient et pousse le cancer dans des modèles expérimentaux. Il est présent dans les tissus sains, mais gagne de l'expression dans de nombreux cancers, y compris du , de la , de la , de l' , du et du . En tant que proxy pour la progression du cancer, l'étude a examiné l'effet des gènes candidats sur l'expression de CD24.

L'étude a commencé avec 176 gènes candidats jugés être surexprimés en raison de copies en nombre, l'expression du gène ou d'une mutation chez les patients atteints de cancer de la . Parmi ces candidats, l'étude a révélé que GON4L a affecté à la fois l'expression de CD24 et de la progression de la tumeur. L'étude a ensuite examiné comment GON4L entraîne l'expression de CD24 et la croissance tumorale, estimant qu'elle associe à des récepteurs aux androgènes des cellules cancéreuses pour signaler les cellules à survivre et se développer.

«D'abord, ce travail montre une nouvelle méthode pour identifier les conducteurs potentiels de cancer. Deuxièmement, nous utilisons cette stratégie pour suggérer que les thérapies anti-androgènes pourraient bénéficier aux patients avec une forte expression GON4L et d'expression de récepteurs androgènes», dit Theodorescu.

Theodorescu suggère que la technique peut être facilement adapté pour utiliser d'autres marqueurs de substitution de la progression tumorale qui convient à la question scientifique qu'on lui demande donc de fournir d'autres chercheurs un moyen utile pour déterminer l'importance des conducteurs de cancer du candidat. Il suggère également que des travaux supplémentaires avec GON4L peut conduire à des options de traitement pour les patients à travers une gamme de types de cancer.

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MessageSujet: Re: La carte génétique des cancers.   Mer 11 Mai 2016 - 14:44

In a typical cancer cell, up to one-quarter of the genome is lost due to large chromosomal deletions, while the concomitant loss of hundreds of genes creates vulnerabilities that are impossible to reveal through the study of individual genes. Prof. Anna Sablina and her team at VIB/KU Leuven optimized a workflow for the generation of cell lines with targeted chromosomal deletions.

Prof. Anna Sablina (VIB/KU Leuven): "We proved that the generated models mimic human cancers harboring deletions that allow researchers to assess the role of a particular chromosomal deletion in cancer development and progression."

Chromosome versus Gene

All current approaches in cancer research focus on studies of individual genes or non-coding RNAs. The team of Anna Sablina now applied chromosomal engineering to model chromosomal aberrations that are commonly observed in cancer patients. To their surprise chromosomal deletions led to phenotypes that are completely different from what was found from the studies of single genes or micro-RNAs, indicating that chromosomal deletions should be considered as distinct mutational events.

Chromosomal engineering allows to really mimic large-scale genomic alterations observed in breast cancer patients. But since this means applying genomic engineering to the human genome, these studies are limited to in vitro systems that not always allow to model processes occurring during cancer development and progression.

Prof. Anna Sablina (VIB/KU Leuven): "Applying chromosomal engineering to greater numbers and subtypes of human cells will make it possible to generate a library of human cells that represent the diversity of genomic abnormalities observed in cancer cells. This approach will maximize the efficiency of large-scale functional genomics efforts and accelerate the functional annotation of the human cancer genome. The generated isogenic cells will also represent a useful platform to identify drugs that selectively kill tumor cells harboring a particular chromosomal abnormality."


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Dans une cellule typique de cancer, jusqu'à un quart du génome est perdu en raison de grandes délétions chromosomiques, tandis que la perte concomitante de centaines de gènes crée des vulnérabilités qui sont impossibles à révéler à travers l'étude des gènes individuels. La Prof. Anna Sablina et son équipe à VIB / KULeuven ont optimisé un flux de travail pour la génération de lignées cellulaires avec des délétions chromosomiques ciblées.

Prof. Anna Sablina (VIB / KU Leuven): «Nous avons prouvé que les modèles générés imitent les cancers humains hébergeant des suppressions qui permettent aux chercheurs d'évaluer le rôle d'une délétion chromosomique particulière dans le développement du cancer et de la progression."

Chromosome contre Gene

Toutes les approches actuelles de la recherche sur le cancer se concentrent sur des études de gènes individuels ou de ARNs non codants. L'équipe d'Anna Sablina a appliqué maintenant l'ingénierie chromosomique pour modéliser des aberrations chromosomiques qui sont couramment observées chez les patients cancéreux. A leur grande surprise les délétions chromosomiques ont conduit à des phénotypes qui sont complètement différentes de ce qui a été trouvé dans les études de gènes uniques ou micro-ARN, ce qui indique que les suppressions chromosomiques devraient être considérées comme des événements mutationnels distincts.

l'ingénierie chromosomique permet d'imiter vraiment les altérations génomiques à grande échelle observés chez les patients atteints de cancer du . Mais puisque cela signifie l'application de l'ingénierie génomique pour le génome humain, ces études sont limitées à des systèmes in vitro qui ne permettent toujours de modéliser les processus qui se produisent au cours du développement du cancer et de la progression.

Prof. Anna Sablina (VIB / KU Leuven): ". En Appliquant l'ingénierie chromosomique à un plus grand nombre et sous-types de cellules humaines, il sera possible de générer une bibliothèque de cellules humaines qui représentent la diversité des anomalies génomiques observées dans les cellules cancéreuses Cette approche permettra de maximiser l'efficacité des efforts pour une échelle génomique fonctionnelle et accélérera l'annotation fonctionnelle du génome du cancer humain. les cellules isogéniques générées représenteront également une plate-forme utile pour identifier les médicaments qui tuent sélectivement les cellules tumorales hébergeant une anomalie chromosomique particulière ".

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MessageSujet: Re: La carte génétique des cancers.   Lun 7 Mar 2016 - 16:09

The skin cancer called basal cell carcinoma (BCC) is one of the most common types of cancer. 90 per cent of the population are at risk to develop it one day, notably because of their age and exposure to the sun UV-rays. Although common, this cancer is rarely fatal and has until now been little studied. But now geneticists at the University of Geneva (UNIGE), Switzerland, sequenced the DNA of these skin tumors, in order to determine the genes that are responsible for the cancerogenesis. Their discovery of new cancer genes that cause BCC can pave the way for new treatment methods personalized for each tumor. The results can be read in Nature Genetics.

Cancer is due to DNA modifications in a cell, which leads to uncontrolled cell growth. It is why, in the past few years, scientists have been using DNA sequencing of tumors more frequently to discover the genetic mutations responsible for causing cancer. Sergey Nikolaev from the UNIGE Faculty of Medicine focused on Basal Cell Carcinoma (BCC), a type of cancer that is very common in humans. Their goal was to sequence the genome of BCC tumors and compare it with the genetic profile of patients' healthy cells, to determine the genes responsible for the cancer development. To do this, they studied 293 tumors from a total of 236 patients of all ages.

New cancer genes discovered

"It has been known for quite a while that a vast majority of BCCs are caused by abnormal activation of the so-called Sonic Hedgehog (SHh) pathway. What we did not know was that BCC is also the cancer with the highest mutation rates. In addition to SHh, numerous other genes can contribute to this skin cancer, which evidently complicates the treatment," explains Professeur Stylianos Antonarakis, who is heading the laboratory in which the research was conducted. The geneticists identified the genes MYCN, PTPN14 and LATS1 as additional drivers for the development of BCC. Their findings were confirmed through studies with patients who suffer from the so-called Gorlin syndrome and therefore possess a molecular predisposition to develop BCCs early in life. The DNA of their tumors also contained those additional cancer drivers.

But how could the geneticists from UNIGE identify those new cancer genes? "We have developed a sophisticated statistical analysis software that permits us to localize the cancerous genes among the thousands of somatic mutations in the cancer DNA sequence," answers Sergey Nikolaev. "Once identified, we further tested their role as cancer drivers, for example by looking at molecules with and without mutations and comparing their structure and function," he adds. This was possible through the collaboration with research groups from the School of Medicine at New York University (USA), the department of Biochemistry of the University of Würzburg (Germany) and the department of Oncology of the University of Lausanne (Switzerland).

A personalised treatment for the patient

Each tumor is rather unique because of the various genetic mutations of the genes involved. "We suggest to sequence the healthy DNA and that of the tumor of each patient to really know which genes are responsible for the development of cancer," explains Nikolaev. This precise diagnostics could improve patient care. "Cells respond differently to different ways of treatment because of the mutations of their genes. Some develop a resistance to certain drug substances, which renders the medication effect less. The additional mutations we detected could help in getting the best possible treatment results," adds Antonarakis. Even though still marginally implemented, the sequencing of tumors gradually enters into medical practice, taking into account the genetic particularities of each sick person. "The Genetic Medicine of the University Hospitals of Geneva has all the necessary infrastructure and expertise to spearhead such developments," concludes Antonarakis.

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Le cancer de la appelé carcinome baso-cellulaire (BCC) est l'un des types les plus communs de cancer. 90 pour cent de la population sont à risque de développer un jour, notamment en raison de leur âge et de l'exposition aux rayons UV du soleil. Bien commun, ce cancer est rarement mortelle et a jusqu'à présent été peu étudié. Mais maintenant, les généticiens de l'Université de Genève (UNIGE), Suisse, ont séquencées l'ADN de ces tumeurs de la peau, afin de déterminer les gènes qui sont responsables de la cancérogenèse. Leur découverte de nouveaux gènes du cancer qui causent BCC peut ouvrir la voie à de nouvelles méthodes de traitement personnalisé pour chaque tumeur. Les résultats peuvent être lus dans Nature Genetics.

Le cancer est dû à des modifications de l'ADN dans une cellule, ce qui conduit à une croissance cellulaire incontrôlée. C'est la raison pour laquelle, au cours des dernières années, les scientifiques ont utilisé le séquençage de l'ADN des tumeurs plus fréquemment pour découvrir les mutations génétiques responsables de provoquer le cancer. Sergey Nikolaev de la Faculté de médecine de l'UNIGE concentré sur le carcinome basocellulaire (BCC), un type de cancer qui est très fréquent chez l'homme. Leur but était de séquencer le génome des tumeurs BCC et les comparer avec le profil génétique des cellules saines des patients, afin de déterminer les gènes responsables du développement du cancer. Pour ce faire, ils ont étudié 293 tumeurs sur un total de 236 patients de tous âges.

Nouveaux gènes de cancer découverts

"Il est connu depuis un certain temps que la grande majorité des carcinomes basocellulaires sont causées par une activation anormale de la voie Sonic Hedgehog (Shh). Ce que nous ne savions pas c'est que BCC est également le cancer avec les taux de mutation les plus élevés. En plus de SHh, de nombreux autres gènes peuvent contribuer à ce cancer de la peau, ce qui complique évidemment le traitement ", explique le Professeur Stylianos Antonarakis, qui dirige le laboratoire où la recherche a été menée. Les généticiens ont identifié les gènes MYCN, PTPN14 et LATS1 comme pilotes supplémentaires pour le développement de la BCC. Leurs résultats ont été confirmés par des études avec des patients qui souffrent du syndrome dit Gorlin et possèdent donc une prédisposition moléculaire pour développer les carcinomes basocellulaires tôt dans la vie. L'ADN de leurs tumeurs contenait également les conducteurs de cancer supplémentaires.

Mais comment les généticiens de UNIGE identifient les nouveaux gènes du cancer? "Nous avons développé un logiciel d'analyse statistique sophistiquée qui nous permet de localiser les gènes cancéreux parmi les milliers de mutations somatiques dans la séquence d'ADN du cancer», répond Sergey Nikolaev. "Une fois identifiée, nous avons encore testé leur rôle en tant que moteurs de cancer, par exemple en regardant des molécules avec et sans mutations et de comparer leur structure et leur fonction," ajoute-il. Cela a été possible grâce à la collaboration avec des groupes de recherche de l'École de médecine de l'Université de New York (USA), le département de biochimie de l'Université de Würzburg (Allemagne) et le département d'oncologie de l'Université de Lausanne (Suisse).

Un traitement personnalisé pour le patient

Chaque tumeur est assez unique en raison des diverses mutations génétiques des gènes impliqués. «Nous suggérons de séquencer l'ADN sain et celle de la tumeur de chaque patient pour vraiment savoir quels gènes sont responsables du développement du cancer», explique Nikolaev. Ce diagnostic précis pourraient améliorer les soins aux patients. "Les cellules réagissent différemment à différentes manières de traitement en raison des mutations de leurs gènes. Certains développent une résistance à certaines substances médicamenteuses, ce qui rend l'effet de médicaments moindre. Les mutations supplémentaires nous avons détectées pourraient aider à obtenir les meilleurs résultats possibles dans les traitements», ajoute Antonarakis. Même si encore peu soit mis en œuvre, le séquençage des tumeurs entre progressivement dans la pratique médicale, en tenant compte des particularités génétiques de chaque personne malade. "La médecine génétique des Hôpitaux Universitaires de Genève possède toutes les infrastructures et de l'expertise pour mener de tels développements nécessaires», conclut Antonarakis.

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MessageSujet: Re: La carte génétique des cancers.   Jeu 26 Nov 2015 - 15:57

Scientists have mapped out the genes that keep our cells alive, creating a long-awaited foothold for understanding how our genome works and which genes are crucial in disease like cancer.

A team of Toronto researchers, led by Professor Jason Moffat from the University of Toronto's Donnelly Centre, with a contribution from Stephane Angers from the Faculty of Pharmacy, have switched off, one by one, almost 18,000 genes -- 90 per cent of the entire human genome -- to find the genes that are essential for cell survival.

The data, published in Cell on November 25, revealed a "core" set of more than 1,500 essential genes. This lays the foundation for reaching the long-standing goal in biomedical research of pinpointing a role for every single gene in the genome.

By turning genes off in five different cancer cell lines, including brain, retinal, ovarian, and two kinds of colorectal cancer cells, the team uncovered that each tumour relies on a unique set of genes that can be targeted by specific drugs. The finding raises hope of devising new treatments that would target only cancer cells, leaving the surrounding healthy tissue unharmed.

"It's when you get outside the core set of essential genes, that it starts to get interesting in terms of how to target particular genes in different cancers and other disease states," says Moffat, who is also a professor in the Department of Molecular Genetics and a Senior Fellow at the Canadian Institute For Advanced Research (CIFAR).

Sequencing of the human genome 12 years ago allowed scientists to compile a list of parts -- our 20,000 genes -- that make up our cells and bodies. Despite this major achievement, we still didn't understand the function of each gene, or how some genes make us sick when they go wrong. To do this, scientists realized they would have to switch genes off, one by one across the entire genome to determine what processes go wrong in the cells. But the available tools were either inaccurate or too slow.

The recent arrival of the gene editing technology CRISPR has finally made it possible to turn genes off, swiftly and with pinpoint accuracy, kicking off a global race among multiple competing research teams. The Toronto study, along with the paper from Harvard and MIT , published recently in Science, found that roughly 10 per cent of our genes are essential for cell survival.

These findings show the majority of human genes play more subtle roles in the cell because switching them off doesn't kill the cell. But if two or more of such genes are mutated at the same time, or the cells are under environmental stress, their loss begins to count.

Because different cancers have different mutations, they tend to rely on different sets of genes to survive. Moffatt's team have identified distinct sets of "smoking gun" genes for each of the tested cancers -- each set susceptible to different drugs.

"We can now interrogate our genome at unprecedented resolution in human cells that we grow in the lab with incredible speed and accuracy. In short order, this will lead to a functional map of cancer that will link drug targets to DNA sequence variation," says Moffat.

His team has already shown how this can work. In his study, metformin, a widely prescribed diabetes drugs successfully killed brain cancer cells and those of one form of colorectal cancer -- but was useless against the other cancers he studied. However, the antibiotics chloramphenicol and linezolid were effective against another form of colorectal cancer, and not against brain or other cancers studied. These data illustrate the clinical potential of the data in pointing to more precise treatments for the different cancers -- and show the value of personalized medicine.

"The Moffat group has developed a powerful CRISPR library that could be used by investigators around the world to identify new treatment strategies for the treatment of cancer," says Aaron Schimmer, a professor in the Department of Medical Biophysics and a medical oncologist at Princess Margaret Cancer Centre, who was not involved in the study. " I would be interested in using this tool to identify new treatment approaches for acute myeloid leukemia -- a blood cancer with a high mortality rate."


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Les scientifiques ont cartographié les gènes qui permettent à nos cellules vivantes, la création d'une position longtemps attendu pour comprendre comment fonctionne notre génome et quels gènes sont crucial dans les maladies comme le cancer.

Une équipe de chercheurs de Toronto, dirigée par le professeur Jason Moffat de l'Université de Donnelly Centre de Toronto, avec une contribution de Stephane Angers de la Faculté de pharmacie, ont éteint, un par un, près de 18.000 gènes - 90 pour cent de l'ensemble du génome humain - pour trouver les gènes qui sont essentiels pour la survie de la cellule.

Les données, publiées dans la revue Cell le 25 Novembre, a révélé un "noyau" ensemble de plus de 1500 gènes essentiels. Cela jette les bases pour atteindre l'objectif de longue date dans la recherche biomédicale de repérer un rôle pour chaque gène dans le génome.

En éteignant les gènes dans cinq lignées cellulaires de cancer différents, y compris le , la rétine, de l' , et deux types de cellules cancéreuses du , l'équipe a découvert que chaque tumeur repose sur un ensemble unique de gènes qui peuvent être ciblés par des médicaments spécifiques. La conclusion soulève l'espoir de mettre au point de nouveaux traitements qui ciblent uniquement les cellules cancéreuses, laissant les tissus sains environnants sains et saufs.

"C'est quand vous arrivez en dehors de l'ensemble des gènes essentiels de base, que ça commence à devenir intéressant en termes de la façon de cibler des gènes particuliers dans différents cancers et d'autres états pathologiques», dit Moffat, qui est également professeur au Département de génétique moléculaire et Senior Fellow à l'Institut canadien de recherches avancées (ICRA).

Le séquençage du génome humain il ya 12 ans a permis aux scientifiques d'établir une liste de pièces - nos 20.000 gènes - qui composent nos cellules et des organes. Malgré cette réalisation majeure, nous ne comprenons pas encore la fonction de chaque gène, ou comment certains gènes nous rendent malades quand ils vont mal. Pour ce faire, les scientifiques ont réalisé qu'ils auraient à éteindre chaque gène, un par un, sur l'ensemble du génome pour déterminer quels processus vont mal dans les cellules. Mais les outils disponibles étaient inexact ou trop lent.

L'arrivée récente de la technologie CRISPR d'édition de gène a finalement permis d'éteindre les gènes, rapidement et avec une extrême précision, le coup d'envoi d'une course mondiale entre plusieurs équipes de recherche concurrentes. L'étude de Toronto, avec l'article de Harvard et du MIT, publié récemment dans Science, a révélé qu'environ 10 pour cent de nos gènes sont essentiels pour la survie de la cellule.

Ces résultats montrent que la majorité des gènes humains jouent des rôles plus subtils dans la cellule, car les éteindre ne tue pas la cellule. Mais si deux ou plusieurs de ces gènes sont mutés en même temps, ou les cellules sont soumis à un stress environnemental, leur perte commence à compter.

Parce que les différents cancers ont différentes mutations, ils ont tendance à compter sur différents ensembles de gènes pour survivre. L'équipe de Moffatt ont identifié des ensembles distincts de gènes comme des armes à feu fumantes pour chacun des cancers testés - et chaque ensemble est sensible à différents médicaments.

"Nous pouvons maintenant interroger notre génome à une résolution sans précédent dans les cellules humaines que nous cultivons dans le laboratoire avec une vitesse et une précision incroyable. En peu de temps, ceci conduira à une carte fonctionnelle du cancer qui reliera les cibles de médicaments aux variations de séquence d'ADN», dit- Moffat.

Son équipe a déjà montré comment cela peut fonctionner. Dans son étude, la metformine, un médicaments contre le diabète largement prescrits a tué avec succès les cellules cancéreuses du et ceux d'une forme de cancer du - mais elle était inutile contre les autres cancers, il a étudié. Cependant, le chloramphénicol et le linézolide antibiotiques qui sont efficaces contre une autre forme de cancer colorectal, et non pas contre celui du cerveau ou d'autres cancers étudiés. Ces données illustrent le potentiel clinique des données pointant vers des traitements plus précis pour les différents cancers - et montrent la valeur de la médecine personnalisée.

"Le groupe Moffat a développé une bibliothèque CRISPR puissante qui pourrait être utilisé par les enquêteurs dans le monde entier afin d'identifier de nouvelles stratégies thérapeutiques pour le traitement du cancer», dit Aaron Schimmer, professeur au département de biophysique médicale et un oncologue médical au Princess Margaret Cancer Centre, qui n'a pas participé à l'étude. «Je serais intéressé à utiliser cet outil pour identifier de nouvelles approches de traitement de la leucémie myéloïde aiguë -. Un cancer du avec un taux de mortalité élevé"




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MessageSujet: Re: La carte génétique des cancers.   Jeu 17 Sep 2015 - 18:14

Scientists have discovered how genetic cancer mutations systematically attack the networks controlling human cells, knowledge critical for the future development of personalized precision cancer treatments.

Since the human genome was decoded more than a decade ago, cancer genomics studies have dominated life science worldwide and have been extremely successful at identifying mutations in individual patients and tumors. However, using this knowledge to develop improved cancer therapies has been severely hampered by the inability of researchers to link the mutations in genes to their corresponding proteins, the targets of most pharmaceutical drugs.

Translating DNA mutations

Researchers from the universities of Copenhagen, Yale, Zurich, Rome and Tottori have, in two landmark studies published in today's CELL, unraveled how disease mutations target and damage the protein signaling networks within human cells on an unprecedented scale. The team has developed novel software that allows researchers to computationally translate the effects of cancer mutations on the function of proteins in individual patients.

Lead researcher on the projects, Prof Dr Rune Linding from the Biotech Research & Innovation Centre (BRIC) at the University of Copenhagen (UCPH), states: "The identification of distinct changes within our tissues that help predict and treat cancer is a major step forward and we are confident it can aid in the development of novel therapies and screening techniques."

First author Dr Pau Creixell explains, "Given the tremendous amount and growth of genomic knowledge, a key challenge scientists face is how to interpret these data. This new software that can reveal how single DNA mutations can have dramatic molecular effects in cells by affecting critical enzymes called kinases."

The studies, published back-to-back in CELL, demonstrate that kinases are not only simply switched 'on' or 'off' by cancer mutations but can also disturb other proteins and thereby drive normal cells to a more cancerous state.

Advancing personalized and tumor-specific medicine.

Collaborator Dr Ben Turk, Associate Prof of Pharmacology at Yale University, adds that "identifying mutations that effect the way that kinases regulate other proteins helps us to prioritize potential therapeutic targets, facilitating the advance of personalized medicine."

It is becoming increasingly apparent that the genetic basis for each tumor is subtly different. This realization has led to healthcare centers spending millions of dollars sequencing individual patients and their tumors with the aim of utilizing this patient specific information to develop tailored, personalized therapies, with much greater efficacy. It is hoped that the novel tools described in these studies can provide much needed assistance to clinicians and researchers worldwide in interpreting this data.

Cancer biologist and co-author Dr Janine Erler states that "Studies like these are vital in enabling us to better understand the behavior of tumors in both individual and groups of patients, with these twin-papers we have seriously changed gears in the fight against cancer and other complex diseases."


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Les scientifiques ont découvert comment les mutations génétiques du cancer attaquent systématiquement les réseaux de contrôle des cellules humaines, des connaissances critiques pour le développement futur des traitements du cancer de précision personnalisés.

Depuis le génome humain a été décodé il y a plus d'une décennie, les études de génomique du cancer ont dominé les sciences de la vie dans le monde entier et ont bien réussi à identifier des mutations chez les patients individuels et dans les tumeurs. Cependant, utiliser cette connaissance pour développer de meilleures thérapies du cancer a été sévèrement entravée par l'incapacité des chercheurs à relier les mutations dans les gènes de leurs protéines correspondantes, les cibles de la plupart des médicaments pharmaceutiques.

Traduire les mutations de l'ADN

Les chercheurs des universités de Copenhague, Yale, Zurich, Rome et Tottori ont, dans deux études marquantes publiées dans "la cellule d'aujourd'hui", démêlé comment les mutations de la maladie ciblent et endommagent le réseaux de signalisation des protéines au sein de cellules humaines sur une échelle sans précédent. L'équipe a développé un logiciel qui permet aux chercheurs de nouveaux calculs pour traduire les effets des mutations cancéreuses sur la fonction des protéines chez les patients individuels.

Le chercheur principal sur les projets, Prof Dr Rune Linding du Centre Biotech Research & Innovation (BRIC) à l'Université de Copenhague (UCPH), déclare: "L'identification des changements distincts dans nos tissus qui aident à prévoir et de traiter le cancer est une étape importante et nous sommes confiants qu'il peut aider dans le développement de nouvelles thérapies et de techniques de dépistage. "

Le premier auteur Dr Pau Creixell explique: «Compte tenu de l'énorme quantité et de la croissance des connaissances en génomique, un défi majeur auquel les scientifiques font face est de savoir comment interpréter ces données. Ce nouveau logiciel qui peut révéler comment une unique mutation de l'ADN peuvent avoir des effets moléculaires dramatiques dans les cellules en affectant des enzymes importantes appelées kinases. "

Les études, publiées dos-à-dos dans la cellule, démontrent que les kinases ne sont pas seulement simplement mis «on» ou «off» par des mutations cancéreuses, mais peuvent aussi perturber d'autres protéines et ainsi conduire les cellules normales à un état plus cancéreux.

Les progrès de la médecine personnalisée et spécifique de la tumeur.

Son collaborateur Dr Ben Turk, associé Professeur de pharmacologie à l'Université de Yale, ajoute que "l'identification des mutations sur cet effet, la façon dont les kinases régulent autres protéines, nous aide à prioriser les cibles thérapeutiques potentielles, ce qui va faciliter l'avance de la médecine personnalisée."

Il est de plus en plus évident que la base génétique de chaque tumeur est subtilement différent. Cette prise de conscience a conduit des centres de santé à dépenser des millions de dollars de séquençage sur les patients et leurs tumeurs dans le but d'utiliser cette information spécifique au patient et développer sur mesure, les thérapies personnalisées, avec une plus grande efficacité. Il est à espérer que les nouveaux outils décrits dans ces études peuvent fournir une aide indispensable aux cliniciens et chercheurs du monde entier dans l'interprétation de ces données.

Biologiste du cancer et co-auteur, le Dr Janine Erler stipule que «Les études comme celles-ci sont indispensables pour nous permettre de mieux comprendre le comportement des tumeurs à la fois individuel et pour les groupes de patients, avec ces deux articles sur le sujet, nous avons sérieusement changé d'engrenages dans la lutte contre le cancer et d'autres maladies complexes ».

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MessageSujet: La carte génétique des cancers.   Mer 30 Avr 2008 - 18:47

Les chercheurs de 9 pays dresseront la carte génétique des 50 cancers les plus communs et les plus mortels, afin de découvrir de nouveaux traitements.

Cette tâche immense sera coordonnée à Toronto par le directeur de l'Institut ontarien de recherche sur le cancer, le Dr Thomas Hudson.

Le but du projet est de comprendre les étapes de développement de la maladie pour y adapter un traitement ou un remède plus efficace.

La chimiothérapie et la radiothérapie sont des approches thérapeutiques qui ont de nombreux effets secondaires, explique le Dr Thomas. Le scientifique mentionne que la découverte de traitements qui cibleraient une mutation présente uniquement dans les cellules cancéreuses permettrait de diminuer grandement les effets secondaires.

Investissement provincial

Le gouvernement de la province canadienne la plus populeuse injecte 40 millions de dollars en 10 ans dans le projet international, ce qui permettra de créer 50 postes de chercheurs.

Queen's Park tente d'attirer les meilleurs chercheurs. La stratégie semble fonctionner, puisque le directeur du Centre de bio-informatique à l'Université de la Colombie-Britannique, Francis Ouellette, a quitté son poste pour venir à Toronto, « à l'épicentre des activités » de recherche.

Le Dr Thomas affirme d'ailleurs avoir déjà recruté 18 chercheurs à l'extérieur de la province au cours de la dernière année.

Le pari de la province est que les traitements générés par le projet de recherche seront produits en Ontario. Le secteur ontarien des biotechnologies a triplé ses exportations depuis 10 ans. La province mise donc sur l'industrie du savoir afin de réduire sa dépendance économique au secteur manufacturier, qui bat de l'aile.


Dernière édition par Denis le Sam 23 Juil 2016 - 12:34, édité 5 fois
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MessageSujet: Re: La carte génétique des cancers.   Aujourd'hui à 16:38

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