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 L'application de la métabolomique à la recherche sur le cancer

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Denis
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MessageSujet: Re: L'application de la métabolomique à la recherche sur le cancer   Mar 14 Juin 2016 - 19:44

Cancer cells and normal cells both divide and move, but with cancer cells it's like they're on steroids: everything is bigger, faster, more.

A new study explains how cancer cells use energy to fuel this switch between motion and proliferation. The researchers identified for the first time a connection between a cancer gene that controls motility and how cancer cells metabolize energy to move and divide so quickly.

Researchers looked at inflammatory breast cancer cells and found the gene RhoC interacts with the cell's machinery at a molecular level to regulate how it produces energy. RhoC directs the cells to generate energy from glucose quickly. This wiring then drives the cancer cells to move faster than normal. RhoC also controls how cancer cells use another nutrient, the amino acid glutamine.

"This is a vulnerability for aggressive cancer cells that we are prepared to exploit. We have definitely found an entry point that lies at the heart of the cancer cell's ability to use energy," says Sofia D. Merajver, M.D., Ph.D., scientific director of the breast oncology program at the University of Michigan Comprehensive Cancer Center and the senior author on the paper.

"Because cancer cells are abnormal, they have limited options to survive. They need to leverage every advantage. When we find an opportunity like this to attack how cancer cells function, we create an opportunity to help destroy the cancer."

Inflammatory breast cancer is a very aggressive form of the disease that disproportionately affects young women and African American women. Instead of a lump, inflammatory breast cancer causes swelling and changes in the skin around the breast. It often has spread beyond the breast by the time it's diagnosed.

Merajver's lab has previously found that RhoC is a key driver of inflammatory breast cancer. It's also linked to more advanced and aggressive types of lung, melanoma, pancreatic and bladder cancers.

The new findings, published in the Journal of Biological Chemistry, identify several key metabolites that are specifically altered by RhoC. These metabolites ultimately control how much energy is available within the cell. This is the first study linking an oncogene involved in cancer cell motility to the metabolic processes necessary to carry out its orders to move and spread.

"We are very excited to discover a connection between a known metastasis-causing gene and alterations to the metabolic characteristics of the cells. RhoC seems to cause very specific and robust changes in the inflammatory breast cancer model that differ from not only normal-like cells, but also other types of breast cancer," says study co-first author Joel A. Yates, Ph.D., a senior postdoctoral research fellow at U-M.

The researchers suggest that these metabolic and molecular vulnerabilities could be explored as potential targets for therapy. The concept expands on personalized medicine and genetic sequencing to include personalized metabolomics -- a process in which treatments could be prescribed based on how much of certain chemicals are produced in cancer cells.

"Through metabolomics we can describe exactly what is happening at the molecular level even if we do not know exactly all the connections between the signaling proteins in the cell," Merajver says. "Gene sequencing would reveal RhoC is involved, but it wouldn't necessarily point us to the right target. It wouldn't tell us how things are wired."

The researchers plan to conduct additional experiments to understand which enzymes are most critical and could provide a good target for potential treatment. In addition, they are working with teams at U-M to develop RhoC inhibitors.

"I have wanted to cure inflammatory breast cancer since medical school, when I saw my first patient with it," Merajver says. "This is why basic science is important. It's essential to understand the biology and the exact mechanisms so that we can find the right target to halt this devastating disease."

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Les cellules cancéreuses et les cellules normales se divisent et se déplacent, mais avec des cellules cancéreuses, c'est comme si elles étaient sur les stéroïdes: tout est plus grand, plus rapide.

Une nouvelle étude explique comment les cellules cancéreuses utilisent l'énergie pour alimenter ce commutateur entre le mouvement et la prolifération. Les chercheurs ont identifié pour la première fois un lien entre un gène du cancer qui contrôle la mobilité des cellules cancéreuses et comment elles métabolisent l'énergie pour se déplacer et se diviser aussi rapidement.

Les chercheurs ont étudié les cellules cancéreuses du sein inflammatoires et ont trouvé le gène RhoC interagit avec la machinerie de la cellule au niveau moléculaire pour réguler la façon dont se produit de l'énergie. RhoC dirige les cellules pour produire rapidement de l'énergie à partir du glucose. Ce câblage entraîne alors les cellules cancéreuses à se déplacer plus rapidement que la normale. RhoC contrôle également la façon dont les cellules cancéreuses utilisent une autre substance nutritive, la glutamine, un acide aminé.

"Ceci est une vulnérabilité pour les cellules cancéreuses agressives que nous sommes prêts à exploiter. Nous avons certainement trouvé un point qui se trouve au cœur de la capacité de la cellule cancéreuse à utiliser l'énergie d'entrée», explique Sofia D. Merajver, MD, Ph.D. , directeur scientifique du programme d'oncologie du sein à l'Université du Michigan Comprehensive Cancer Center et auteur principal sur le papier.

"Parce que les cellules cancéreuses sont anormales, elles ont peu d'options pour survivre. elles ont besoin de tirer parti de tous les avantages. Quand nous trouvons une telle occasion d'attaquer la façon dont les cellules du cancer fonctionnent, nous créons une occasion d'aider à détruire le cancer."

Le cancer du inflammatoire est une forme très agressive de la maladie qui affecte de manière disproportionnée les jeunes femmes et les femmes afro-américaines. Le cancer du sein inflammatoire provoque un gonflement et des changements dans la peau autour de la poitrine. Il est souvent propagé au-delà de la poitrine au moment où il est diagnostiqué.

Le laboratoire de Merajver a déjà constaté que RhoC est un facteur clé de cancer du sein inflammatoire. Il est également lié à des types de cancers du poumon, mélanome, du pancréas et de la vessie plus avancés et agressifs.

Les nouveaux résultats, publiés dans le Journal of Biological Chemistry, identifient plusieurs métabolites principaux qui sont spécifiquement modifiées par RhoC. Ces métabolites finalement contrôlent la quantité d'énergie qui est disponible dans la cellule. Cette étude est la première qui relie un oncogène impliqué dans la motilité des cellules cancéreuses aux processus métaboliques nécessaires pour mener à bien ses commandes pour se déplacer et se propager.

"Nous sommes très heureux de découvrir un lien entre un gène et des altérations des métastases causant connue des caractéristiques métaboliques des cellules. RhoC semble provoquer des changements très spécifiques et robustes qui diffèrent des cellules non seulement normal, comme dans le modèle de cancer du sein inflammatoire , mais aussi d'autres types de cancer du sein », dit le co-premier auteur Joel A. Yates, Ph.D., chercheur postdoctoral senior chez UM.

Les chercheurs suggèrent que ces vulnérabilités métaboliques et moléculaires pourraient être explorées comme cibles potentielles pour la thérapie. Le concept s'étend sur la médecine personnalisée et le séquençage génétique pour inclure la métabolomique personnalisée - un processus dans lequel les traitements pourraient être prescrites en fonction de la quantité de certains produits chimiques qui sont produits dans les cellules cancéreuses.

«Grâce à la métabolomique nous pouvons décrire exactement ce qui se passe au niveau moléculaire, même si nous ne savons pas exactement toutes les connexions entre les protéines de signalisation dans la cellule», dit Merajver. "Le séquençage des gènes révélerait que RhoC est impliqué, mais il ne nous oriente pas vers la bonne cible nécessairement. Il ne saurait pas nous dire comment les choses sont câblés."

Les chercheurs prévoient de mener des expériences supplémentaires pour comprendre quelles enzymes sont les plus critiques et pourrait fournir une bonne cible pour le traitement potentiel. En outre, ils travaillent avec les équipes U-M de développer des inhibiteurs de RhoC.

«J'ai voulu guérir le cancer du sein inflammatoire depuis l'école de médecine, quand je vis ma première patiente pris avec ce cancer», dit Merajver. «Voilà pourquoi la science fondamentale est importante. Il est essentiel de comprendre la biologie et les mécanismes exacts afin que nous puissions trouver la bonne cible pour stopper cette maladie dévastatrice."


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Denis
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MessageSujet: Re: L'application de la métabolomique à la recherche sur le cancer   Dim 29 Mai 2016 - 15:39

Cellular transformation and cancer progression is accompanied by changes in the metabolic landscape. Master co-regulators of metabolism orchestrate the modulation of multiple metabolic pathways through transcriptional programs, and hence constitute a probabilistically parsimonious mechanism for general metabolic rewiring. Here we show that the transcriptional co-activator peroxisome proliferator-activated receptor gamma co-activator 1α (PGC1α) suppresses prostate cancer progression and metastasis. A metabolic co-regulator data mining analysis unveiled that PGC1α is downregulated in prostate cancer and associated with disease progression. Using genetically engineered mouse models and xenografts, we demonstrated that PGC1α opposes prostate cancer progression and metastasis. Mechanistically, the use of integrative metabolomics and transcriptomics revealed that PGC1α activates an oestrogen-related receptor alpha (ERRα)-dependent transcriptional program to elicit a catabolic state and metastasis suppression. Importantly, a signature based on the PGC1α-ERRα pathway exhibited prognostic potential in prostate cancer, thus uncovering the relevance of monitoring and manipulating this pathway for prostate cancer stratification and treatment.

La transformation cellulaire et la progression du cancer est accompagné par des changements dans le paysage métabolique. Le co-régulateur principal du métabolisme orchestre la modulation des voies métaboliques multiples grâce à des programmes de transcription, et constituent donc un mécanisme probabiliste parcimonieuse pour le recâblage métabolique général. Le co-activateur (PGC1α) supprime la progression du cancer de la prostate et des métastases. Une analyse de l'extraction de données de co-régulateur métabolique a dévoilé que PGC1α est régulée à la baisse dans le cancer de la prostate associée à la progression de la maladie. Et l'utilisation de modèles de xénogreffes de souris génétiquement modifiées, nous avons démontré que PGC1α s'oppose à la progression du cancer de la prostate et des métastases. Mécaniquement, l'utilisation de la métabolomique et transcriptomique intégratives a révélé que PGC1α active un récepteur alpha liée à l'œstrogène (ERRα) dépendante de la transcription programme pour obtenir une suppression  de l'état catabolique et des métastases. Surtout, une signature basée sur la voie PGC1α-ERRα représente un potentiel pronostique dans le cancer de la prostate, découvrant ainsi la pertinence du suivi et de la manipulation de cette voie pour la stratification et le traitement du cancer de la .


Définitions :

La métabolomique est une science très récente qui étudie l'ensemble des métabolites (sucres, acides aminés, acides gras, etc.) présents dans une cellule, un organe, un organisme. C'est l'équivalent de la génomique pour l'ADN. Elle utilise la spectrométrie de masse et la résonance magnétique nucléaire.

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La transcriptomique est un outil utilisé en génétique moléculaire pour étudier et analyser le transcriptome, c'est-à-dire l'ensemble des ARN (ou molécules biologiques) messagers nés de la transcription du génome - ou matériel génétique. Cette étude permet notamment d'identifier les gènes actifs et ouvre des portes sur celle des maladies héréditaires en travaillant sur leurs causes. Il existe plusieurs techniques de transcriptomique dont le séquençage d'ARN et les puces à ADN utilisé en biotechnologie.



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MessageSujet: Re: L'application de la métabolomique à la recherche sur le cancer   Jeu 19 Mai 2016 - 14:33

Researchers at Umeå University in Sweden and the Cancer Registry of Norway have studied possible causes behind the development of brain tumours. The results, published in the journal Oncotarget, show differences in expression of certain molecules known as metabolites when comparing healthy individuals with people who would eventually develop brain tumours. The greatest difference were found when looking at vitamin E.

"We know that common health-related lifestyle factors such as smoking and alcohol are not associated with brain tumours. So finding these signs of a possible link between vitamin E and brain tumours was rather interesting and something which we now will study more closely," says Beatrice Melin, researcher at the Department of Radiation Sciences and one of the article co-authors. "But we must point out that the results are preliminary and that further studies with a larger number of patients are needed to verify this link between vitamin E and brain tumours."

A group of researchers at the Umeå University departments of Radiation Sciences and Chemistry, led by Beatrice Melin and Henrik Antti, conducted the study using a unique biobank material of serum samples from brain tumour patients, taken up to twenty years before their diagnosis. The researchers looked at differences in metabolites between patients who would later develop brain tumours and a control group.

"Other studies have also showed signs of disadvantageous health effects from vitamin E, so our results are in line with current research findings concerning other types of tumours," says Henrik Antti, researcher at the Department of Chemistry and co-author. "We are of course interpreting our results carefully and will now proceed with this research to investigate if genetics play a role in the observed biomarker patterns."

The use of metabolomics to study underlying variables for future disease, such as brain tumours, is a unique field facilitated by access to the large and structured longitudinal collections of biobank samples in Umeå and Oslo.


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Des chercheurs de l'Université d'Umeå en Suède et le Registre du cancer de la Norvège ont étudié les causes possibles derrière le développement de tumeurs du cerveau. Les résultats, publiés dans la revue Oncotarget, montrent des différences dans l'expression de certaines molécules appelées métabolites lorsque l'on compare les individus en bonne santé avec des gens qui finissent par développer des tumeurs cérébrales. La plus grande différence n'a été trouvée quand on regarde la vitamine E.

«Nous savons que les facteurs de style de vie liés à la santé communs tels que le tabagisme et l'alcool ne sont pas associés à des tumeurs cérébrales. Donc, trouver ces signes d'un lien possible entre la vitamine E et les tumeurs cérébrales a été plutôt intéressant et quelque chose que nous allons maintenant étudier de plus près," dit Béatrice Melin, chercheur au Département des sciences de la radiation et l'un des articles co-auteurs. «Mais nous devons souligner que les résultats sont préliminaires et que d'autres études avec un plus grand nombre de patients sont nécessaires pour vérifier ce lien entre la vitamine E et les tumeurs du cerveau."

Un groupe de chercheurs des départements universitaires Umeå des sciences de la radiation et la chimie, dirigé par Béatrice Melin et Henrik Antti, a mené l'étude en utilisant un matériau de biobanque unique d'échantillons de sérum de patients atteints de tumeurs cérébrales, prises jusqu'à vingt ans avant leur diagnostic. Les chercheurs ont étudié les différences de métabolites entre les patients qui allait plus tard développer des tumeurs cérébrales et un groupe de contrôle.

"D'autres études ont également montré des signes d'effets sur la santé défavorables de la vitamine E, de sorte que nos résultats sont conformes aux résultats de la recherche en cours concernant d'autres types de tumeurs», explique Henrik Antti, chercheur au Département de chimie et de co-auteur. «Nous sommes bien sûr interprétons nos résultats avec soin et allons maintenant procéder à ces recherches pour étudier si la génétique joue un rôle dans les modèles de biomarqueurs observées."

L'utilisation de la métabolomique pour étudier les variables sous-jacentes de la maladie future, telles que les tumeurs du cerveau, est un champ unique facilité par l'accès aux grandes et collections longitudinales d'échantillons de la biobanque à Umeå et Oslo.


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MessageSujet: Re: L'application de la métabolomique à la recherche sur le cancer   Jeu 31 Mar 2016 - 17:27

Cancer cells are defined by their ability for uncontrolled growth, one cell quickly becoming two becoming many. "It's a fascinating process," said Gary Patti, PhD, associate professor of chemistry at Washington University in St. Louis. "Imagine creating two copies of yourself every few days instead of just maintaining the one you have. In the past 15 or 20 years people have become really interested in how a cell does that."

For more than 80 years the reigning idea has been that cancer cells fuel their explosive growth by soaking up glucose from the blood, using its energy and atoms to crank out duplicate sets of cellular components.

One of the reasons so much glucose is taken up is to make the lipids, or fats, that are assembled into cell membranes, the thin veils that separate the contents of a cell from its environment.

In 1970s and '80s, scientists working with radioactively tagged glucose showed that practically all the lipids inside tumor cells were made from glucose the cells took up from the extracellular environment, a finding that seemingly corroborated the "glucose hypothesis."

The hypothesis makes sense, but like many other things that make sense, it may not be right.

While pursuing other work, the Patti lab discovered that proliferating fibroblasts make most of their lipids from glucose only if they are grown in standard cell-culture medium, which is nutrient-rich but lipid-poor.

When the scientists spiked the culture medium with lipids, raising concentrations to those typical of blood, the cells preferred to scavenge lipids from the medium rather than synthesizing them. And under these conditions, rapidly dividing cells took up no more glucose than cells that weren't dividing.

This effect was discovered in cultures of fibroblasts, which divide until they touch one another and then stop, giving scientists a chance to compare the metabolism of proliferating and quiescent cells. But intrigued by the "lipid effect," the scientists checked for it in two cancer-cell lines, the famous HeLa cells and a lung cancer cell line called H460. These cell lines responded less strongly but similarly to lipid concentrations.

The startling result, published online in the March 31, 2016, issue of Cell Chemical Biology, calls into question aspects of cancer research and treatment founded on the glucose hypothesis.

"It has only been possible to think about glucose metabolism at the systems level for the past few years," Patti said, referring to the new discipline of metabolomics. "Before that the technology to follow glucose through all the possible metabolic pathways just didn't exist."

Are glucose-uptake images accurate? "The idea that increased glucose uptake is a metabolic hallmark of cancer cells is deeply embedded in our thinking. It's the basis for how we diagnose cancer and manage its treatment in the clinic," Patti said.

In diagnostic FDG-PET scans, patients are injected with a small amount of a glucose analog that includes a radioactive atom and are then scanned to create images of glucose uptake by various organs. Bright spots on these images indicate potential cancer.

Our study raises questions about the sensitivity of these scans, Patti said. "Perhaps cancer cells can live off fats floating in the blood rather than making them all out of glucose, particularly in the case of obese or diabetic patients whose blood lipid concentrations can be higher than normal."

Could this allow cancer cells to fly under the radar, leading to false negatives?

Should cancer drugs target glucose metabolism?

Because of the glucose hypothesis, scientists have devoted a lot of attention to developing cancer therapies that inhibit either glucose metabolism or lipid synthesis.

But if the assumption is wrong, would blocking glucose metabolism slow cell growth? Wouldn't the cells just scavenge lipids from their surroundings?

To test this possibility, the scientists tried dosing their cell lines with 2DG, a glucose molecule with a hydrogen atom substituted for a hydroxyl (OH-) group that gets stuck in the pathway that breaks down glucose. They found that if they spiked the cultures with lipids as well, 2DG was much less effective in slowing the growth of cancer cells.

This finding challenges the reasoning behind one strategy for killing cancer cells, Patti said. 2DG is now in clinical trials.

What about targeting lipid uptake?

If the work in the Patti lab suggests that cancer cells might not respond as hoped to drugs that block the glucose uptake, it also suggests blocking lipid uptake might be effective.

The scientists tested this idea by dosing their cultures with a drug called SSO that irreversibly binds to a lipid transporter in the cell membrane, inhibiting lipid uptake. When they did this, all three cells lines were slower to grow and divide.

Perhaps we should be thinking more about inhibiting lipid uptake, Patti said.

Cells in culture are artifacts

'The last point," Patti said, "and I think most people accept this, is that cell cultures are highly artificial systems that often give misleading results. Whether cell culture findings translate to animal models or patients is really questionable; it's hard to place a lot of trust in them," he said.

"In this case, the standard cell culture media that everyone uses has such low lipid concentrations that it really skews what the cells in culture are doing.

"Even though we all do the same cell culture in the same way it is dangerous to assume the results apply to the clinic," he said.


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Les cellules cancéreuses sont définies par leur capacité de croissance incontrôlée, une cellule devient rapidement deux et devient rapidement plusieurs. «C' est un processus fascinant», a déclaré Gary Patti, PhD, professeur agrégée de chimie à l'Université de Washington à St. Louis. «Imaginez la création de deux copies de vous-même tous les jours au lieu de simplement maintenir celle que vous avez. Au cours des 15 ou 20 dernières années, les gens sont devenus vraiment intéressés à la façon dont une cellule fait cela."

Depuis plus de 80 ans, l'idée régnante a été que les cellules cancéreuses alimentent leur croissance explosive en absorbant le glucose du sang, en utilisant son énergie et les atomes ensembles pour fournir en double les composants cellulaires.

L'une des raisons que tant de glucose est requis c'est pour transformer les lipides ou les graisses pour être assemblées dans des membranes cellulaires, des voiles minces qui séparent le contenu d'une cellule à son environnement.

Dans les années 1970 et les années 80, les scientifiques travaillant avec le glucose radioactivement marqué ont montré que pratiquement tous les lipides dans les cellules tumorales ont été faites à partir de glucose que les cellules ont pris de l'environnement extracellulaire, une constatation qui corrobore apparemment «l'hypothèse du glucose."

L'hypothèse est logique, mais comme beaucoup d'autres choses qui font sens, ça peut ne pas être juste.

Tout en poursuivant d'autres travaux, le laboratoire Patti a découvert que les fibroblastes proliférants font la plupart leurs lipides à partir du glucose que si elles sont cultivées dans un milieu de culture cellulaire standard, qui est riche en éléments nutritifs, mais pauvre en lipides.

Lorsque les scientifiques ont dopé le milieu de culture avec des lipides, et augmenté les concentrations qui sont typiques du sang, les cellules ont préféré piéger les lipides à partir du milieu plutôt que de les synthétiser. Et dans ces conditions, les cellules qui se divisent rapidement ont pris plus de glucose que les cellules qui ne sont pas en division.

Cet effet a été découvert dans des cultures de fibroblastes, qui divisent jusqu'à ce qu'ils touchent les uns les autres et ensuite arrêtent, donnant aux scientifiques une chance de comparer le métabolisme de la prolifération et de cellules au repos. Mais intrigué par «l'effet des lipides," les scientifiques ont vérifiées en deux lignes le cancer des cellules, les fameuses cellules HeLa et une lignée de cellules de cancer du poumon appelé H460. Ces lignées cellulaires ont réagi de façon similaire, mais moins fortement à des concentrations lipidiques.

Le résultat surprenant, publiée en ligne dans 31 Mars, 2016, question de biologie cellulaire chimique, remet en question les aspects de la recherche et le traitement du cancer fondé sur l'hypothèse de glucose.

"Il a seulement été possible de penser le métabolisme du glucose au niveau des systèmes ces dernièrnes années», a déclaré Patti, se référant à la nouvelle discipline de la métabolomique. "Avant que la technologie pour suivre le glucose à travers toutes les voies métaboliques possibles n'éxistait tout simplement pas."

Les images d'absorption du glucose sont-elles exactes? «L'idée que l'augmentation de l'absorption du glucose est une caractéristique métabolique des cellules cancéreuses est profondément ancrée dans notre pensée. Il est la base de notre façon de diagnostiquer le cancer et de gérer son traitement dans la clinique", a déclaré Patti.

Dans les analyses de diagnostic TEP, les patients sont injectés avec une petite quantité d'un analogue de glucose qui comprend un atome radioactif et sont ensuite analysés pour créer des images de la captation du glucose par les divers organes. Les points lumineux sur ces images indiquent le cancer potentiel.

Notre étude soulève des questions sur la sensibilité de ces scans, Patti dit. "Peut-être que les cellules cancéreuses peuvent vivre de graisses flottant dans le sang plutôt que de de les faire à partir de glucose, en particulier dans le cas des patients obèses ou diabétiques dont le sang lipides concentrations est peut être supérieure à la normale."

Cela pourrait permettre aux cellules cancéreuses de voler sous le radar, conduisant à des faux négatifs?

Si les médicaments anticancéreux ciblait le métabolisme du glucose?

En raison de l'hypothèse de glucose, les scientifiques ont consacré beaucoup d'attention au développement de traitements anticancéreux qui inhibent soit le métabolisme du glucose ou de la synthèse des lipides.

Mais si l'hypothèse est fausse, est-ce que bloquer le métaboisme du glucose ralentirait la croissance cellulaire ? Est-ce que lles cellules piégeraient simplement les lipides de leur environnement?

Pour tester cette possibilité, les scientifiques ont tenté de doser leurs lignées cellulaires avec 2DG, une molécule de glucose avec un atome d'hydrogène substitué par un groupe hydroxyle (OH-) qui se coince dans la voie qui décompose le glucose. Ils ont constaté que, si elles sont dopées avec des lipides des cultures aussi, le 2DG est beaucoup moins efficace pour ralentir la croissance des cellules cancéreuses.

Cette constatation remet en question le raisonnement derrière une stratégie pour tuer les cellules cancéreuses, dit Patti. Le 2DG est actuellement en essais cliniques.

Qu'est-ce que ça ferait de cibler l'absortion de lipides ?

Si le travail dans le laboratoire de Patti suggère que les cellules cancéreuses peuvent ne pas répondre comme espéré aux médicaments qui bloquent l'absorption du glucose, il suggère également que le blocage de l'absorption des lipides pourrait être efficace.

Les chercheurs ont testé cette idée en dosant leur culture avec un médicament appelé SSO qui se lie de manière irréversible à un transporteur lipidique de la membrane cellulaire, inhibant l'absorption des lipides. Quand ils l'ont fait, les trois lignées cellulaires ont été plus lents à croître et à se diviser.

Peut-être que nous devrions penser plus à propos de l'inhibition de l'absorption des lipides, dit Patti.

Les cellules en culture sont des artefacts

'Le dernier point ", a déclaré Patti," et je pense que la plupart des gens acceptent cela, est que les cultures cellulaires sont des systèmes très artificiels qui donnent souvent des résultats trompeurs. Que les résultats de la culture cellulaire se traduisent par des modèles animaux ou des patients est vraiment discutable; il est difficile de placer une grande confiance en eux ", a-t-il dit.

"Dans ce cas, ce sont les milieux de culture cellulaire standard que tout le monde utilise a ces faibles concentrations de lipides qui biaisent vraiment ce que les cellules en culture font.

«Même si nous faisons tous la même culture de cellules de la même manière, il est dangereux de supposer les résultats sont applicables à la clinique», dit-il.

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MessageSujet: Re: L'application de la métabolomique à la recherche sur le cancer   Mer 16 Mar 2016 - 15:06

The application of metabolomics towards cancer research has led to a renewed appreciation of metabolism in cancer development and progression. It has also led to the discovery of metabolite cancer biomarkers and the identification of a number of novel cancer causing metabolites. The rapid growth of metabolomics in cancer research is also leading to challenges. In particular, with so many cancer-associate metabolites being identified, it is often difficult to keep track of which compounds are associated with which cancers. It is also challenging to track down information on the specific pathways that particular metabolites, drugs or drug metabolites may be affecting. Even more frustrating are the difficulties associated with identifying metabolites from NMR or MS spectra. Fortunately, a number of metabolomics databases are emerging that are designed to address these challenges. One such database is the Human Metabolome Database (HMDB). The HMDB is currently the world’s largest and most comprehensive, organism-specific metabolomics database. It contains more than 40,000 metabolite entries, thousands of metabolite concentrations, >700 metabolic and disease-associated pathways, as well as information on dozens of cancer biomarkers. This review is intended to provide a brief summary of the HMDB and to offer some guidance on how it can be used in metabolomic studies of cancer.

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L'application de la métabolomique à la recherche sur le cancer a conduit à une nouvelle appréciation du métabolisme dans le développement du cancer et de sa progression.

Elle a également conduit à la découverte de métabolites biomarqueurs du cancer et l'identification d'un certain nombre de nouveaux métabolites cancérigènes. La croissance rapide de la métabolomique dans la recherche sur le cancer entraîne aussi des défis. En particulier, avec tant de métabolites identifiés et associés au cancer, il est souvent difficile de garder une trace des composés qui sont associés avec tel ou tel cancer. Il est également difficile de traquer des informations sur les voies spécifiques que des métabolites particuliers, des médicaments ou des médicaments de métabolite peuvent affecter.

Encore plus frustrant, sont les difficultés liées à l'identification des métabolites à partir des spectres RMN ou MS. Heureusement, un certain nombre de bases de données métabolomique émergent qui sont conçus pour répondre à ces défis. Une telle base de données est la base de données du métabolome humain (BDMH). La BDMH est actuellement le plus grand et le plus complet, base de données métabolomique spécifique-organisme dans le monde. Il contient plus de 40.000 entrées de métabolites, des milliers de concentrations de métabolites,> 700 voies métaboliques et des maladies associées, ainsi que des informations sur des dizaines de biomarqueurs du cancer. Cet avis est destiné à fournir un bref résumé de la BDMH et d'offrir des conseils sur la façon dont il peut être utilisé dans des études métabolomiques de cancer.

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MessageSujet: L'application de la métabolomique à la recherche sur le cancer   Mar 17 Juin 2008 - 10:08

(Jun. 16, 2008) — A new computer-based method of analyzing cellular activity has correctly predicted the anti-tumour activity of several molecules. New research published in Molecular Cancer describes 'CoMet' -- a tool that studies the integrated machinery of the cell and predicts those components that will have an effect on cancer.

Une nouvelle méthode d'analyse de l'activité cellulaire en ordinateur a correctement prédit l'activité anti-tumorale de plusieurs molécules. une nouvelle recherche publié dans Molecular Cancer a décrit "Comet" un outil qui étudie les composants de la cellules et prédit lesquels auront un effet sur le cancer.

Jeffrey Skolnick, in collaboration with John McDonald, led a team from the Georgia Institute of Technology who have developed this new strategy. As Skolnick explains, "This opens up the possibility of novel therapeutics for cancer and develops our understanding of why such metabolites work. CoMet provides a deeper understanding of the molecular mechanisms of cancer".

"Ceci ouvre la possibilité de nouvelles thérapies pour le cancer et développe notre compréhension du pourquoi certains métabolites agissent. Comet apporte donc une compréhension plus profonde des mécanismes en jeu dans le cancer." a dit Jeffrey Skolnick.


The small molecules that are naturally produced in cells are called metabolites. Enzymes, the biological catalysts that produce and consume these metabolites are created according to a cell's genetic blueprints. Importantly, however, the metabolites can also affect the expression of genes. According to the authors "By comparing the gene expression levels of cancer cells relative to normal cells and converting that information into the enzymes that produce metabolites, CoMet predicts metabolites that have lower concentrations in cancer relative to normal cells".

Les petites molécules produites naturellement par la cellule sont appelées métabolites. Les enzymes, sont des catyleurs biologiques qui produisent et consomment ces métabolites sont créés selon une emprunte génétiques. Toutefois, les métabolites peuvent aussi affecter de façon importante l'expression des gènes. Selon les auteurs : " en comparant l'expression du niveau de cancer des gènes dans les cellules cancéreuses comparativement aux cellules normales et en reportant cette information sur les enzymes qui produisent les métabolites, Comet prédit quels métabolites auront une plus basse concentration dans les cellules cancéreuses.

The research proves that by adding such putatively depleted metabolites to cancer cells, they exhibit anticancer properties. In this case, growth of leukemia cells was slowed by all nine of the metabolites suggested by CoMet. The future for this treatment looks bright, in McDonald's words, "While we have only performed cell proliferation assays, it is reasonable to speculate that some metabolites may also exhibit many other anticancer properties. These could be important steps on the road to a cure".

La recherche a prouvé qu'en ajoutant les métabolites manquant aux cellules cancéreuses, ces métabolites montrent des propriétés anti-cancer. Dans le cas étudié, la croissance des cellules leucémiques a été ralenti par les 9 métabolites suggéré par Comet. LE future de ce traitement semble prometteur. Selon un des chercheurs, il est raisonnable de penser que les métabolites pourraient montrer d'autres propriétés anti-cancer. Ces découvertes pourraient donc être un pas important sur la route de la cure.


Dernière édition par Denis le Mar 14 Juin 2016 - 19:46, édité 3 fois
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MessageSujet: Re: L'application de la métabolomique à la recherche sur le cancer   Aujourd'hui à 9:45

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L'application de la métabolomique à la recherche sur le cancer
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