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 Étude des protéines.

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Denis
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MessageSujet: Re: Étude des protéines.   Mer 29 Juin 2016 - 15:57

In what is believed to be the largest study of its kind, scientists at The Johns Hopkins University and the Pacific Northwest National Laboratory led a study that examined the proteomes of 169 ovarian cancer patients to identify critical proteins expressed by their tumors.

By integrating their findings with the tumors' genetic data -- the cancer genome -- the investigators report the potential for new insights into the progress of the most malignant form of the disease.

"Correlating our data with clinical outcomes is the first step toward the eventual ability to predict outcomes that reflect patient survival, with potential applications for precision medicine and new targets for pharmaceutical interventions," says Daniel W. Chan, Ph.D., a professor of pathology and oncology who led the team at the Johns Hopkins University School of Medicine. "But just like anything in medicine, clinical validation will be a long and rigorous process."

In a summary of the work published in the advance online edition of Cell on June 29, 2016, the researchers say their achievement illustrates the power of combining genomic and proteomic data to potentially yield a more complete picture of the biology of a cancer that accounts for 3 percent of all cancers in women and is the fifth leading cause of cancer deaths among women in the United States.

"With this knowledge, researchers expect to be better able to identify the biological factors defining the 70 percent of ovarian cancer patients who suffer from the most malignant form of ovarian cancer, called high-grade serous carcinoma," says Chan. Currently, only one in six patients lives five or more years beyond diagnosis.

"Historically, cancer's been looked at as a disease of the genome," says Karin Rodland, Ph.D., chief scientist for biomedical research at the Pacific Northwest National Laboratory. "But that genome has to express itself in functional outcomes, and that's what the proteomic data add, because proteins are what get the actual work of the genome done."

That work starts, Rodland says, when genes are transcribed into RNA, the genetic material that makes protein, the full set of which is referred to as the transcriptome.

The biological complexity of cancer is due in significant part to the fact that not every part of the transcriptome leads to proteins, and not every protein stays stable, with many undergoing changes that affect their impact and interactions with other proteins.

In their effort to better explain ovarian cancer biology, each team studied subsets of 169 high-grade serous carcinoma tissue samples and accompanying genomic and clinical data drawn from The Cancer Genome Atlas (TCGA), a collaborative effort to map cancer's genetic mutations. The task for ovarian cancer was completed in 2011.

The Johns Hopkins team initially selected 122 of the samples based on those tumors' ability to repair damaged DNA -- known as homologous recombination deficiency -- and characterized by changes in genes, including BRCA1, BRCA2 and PTEN, mutations long linked to increased cancer risk and severity.

"We chose to examine these samples because patients with changes in these genes already are benefiting from a specific drug regimen for breast cancer, so if we could find similar changes in ovarian cancer genomes and proteomes, those patients would likely benefit from the same regimen," says Chan.

The Pacific Northwest team initially selected 84 samples based on overall patient survival times. "We examined the data for the shortest-surviving patients and the longest-surviving patients, hoping to pinpoint biological factors associated with extremely short survival or better-than-average, longer survival," says Rodland.

Then, through their participation in the Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC), a program of the U.S. National Cancer Institute that funded both teams, the two teams combined their efforts.

Using protein measurement and identification techniques, such as mass spectrometry, the teams identified 9,600 proteins in all the tumors and pursued study on 3,586 proteins common to all 169 tumor samples.

A hallmark of cancer, and particularly high-grade serous carcinoma, is the appearance of more copies of certain regions of the genome. These so-called copy number alterations can lead to changes in protein abundance. When the researchers compared known regions of copy number alterations, they found that parts of chromosomes 2, 7, 20 and 22 led to changes in abundance of more than 200 proteins. A more careful study of those 200 proteins revealed that many are involved in cell movement and immune system function, both processes implicated in cancer progression, the researchers say.

"By comparing data for overlapping patient samples and finding comparable measurements of protein analysis at both institutions, we think our findings indicate excellent scientific rigor and reproducibility," says Rodland.

This work should give researchers everywhere a wealth of credible information, she continues, because of the number of samples investigated, the number of proteins investigated in each sample, and the ability to cross-reference and correlate the new protein data with the TCGA genome and transcriptome data. "In brief, adding the proteome on top of the genome -- what we call proteogenomics -- provided a new dimension of information that enabled discovery of new biological insights into ovarian cancer while creating a valuable resource for the scientific community," says Rodland.

"High-grade serous carcinoma is such a challenging disease, requiring complex clinical care to achieve long-term survival. This new knowledge gives us new directions to test in the lab and clinic," says Douglas A. Levine, M.D., director of gynecologic oncology at the Laura and Isaac Perlmutter Cancer Center at NYU Langone Medical Center. "This proteogenomic analysis will help us improve patient outcomes and quality of life."

---

Dans ce qui est considéré comme la plus grande étude du genre, les scientifiques de l'Université Johns Hopkins et le Pacific Northwest National Laboratory ont mené une étude qui a examiné les protéomes de 169 patients atteints de cancer de l' pour identifier les protéines critiques exprimées par leurs tumeurs.

En intégrant leurs résultats avec les données génétiques des tumeurs - le génome du cancer - les chercheurs signalent le potentiel de nouvelles perspectives sur les progrès de la forme la plus maligne de la maladie.

«Comparer nos données avec les résultats cliniques est la première étape vers la capacité éventuelle de prédire les résultats qui reflètent la survie des patientes, avec des applications potentielles pour la médecine de précision et de nouvelles cibles pour les interventions pharmaceutiques», explique Daniel W. Chan, Ph.D., professeur de la pathologie et de l'oncologie, qui a dirigé l'équipe à l'école de médecine de l'Université Johns Hopkins. "Mais comme tout dans la médecine, la validation clinique sera un processus long et rigoureux."

Dans un résumé des travaux publiés dans la version en ligne de Cell le 29 Juin 2016, les chercheurs affirment que leur réalisation illustre la puissance de la combinaison de données génomiques et protéomiques pour éventuellement donner une image plus complète de la biologie d'un cancer qui représente 3 pour cent de tous les cancers chez les femmes et est la cinquième cause de décès par cancer chez les femmes aux États-Unis.

"Avec cette connaissance, les chercheurs attendent d'être mieux en mesure d'identifier les facteurs biologiques qui définissent les 70 pour cent des patients atteints de cancer de l'ovaire qui souffrent de la forme la plus maligne du cancer de l'ovaire, appelé carcinome séreux de haut grade», dit Chan.

«Historiquement, le cancer a été regardé comme une maladie du génome», explique Karin Rodland, Ph.D., directeur scientifique pour la recherche biomédicale au Pacific Northwest National Laboratory. "Mais ce génome doit s'exprimer dans les résultats fonctionnels, et c'est pourquoi il faut ajouter les données protéomiques, parce que les protéines sont celles qui obtiennent le travail réel fait par le génome."

Ce travail commence, dit Rodland, lorsque les gènes sont transcrits en ARN, le matériel génétique qui rend la protéine, l'ensemble complet de ce qui est appelé le transcriptome.

La complexité biologique du cancer est due en grande partie au fait que chaque partie du transcriptome conduit à des protéines, et ce n'est pas toutes les protéines qui reste stables, mais elles subissent de nombreux changements qui affectent leur impact et les interactions avec d'autres protéines.

Dans leurs efforts pour mieux expliquer la biologie du cancer de l'ovaire, chaque équipe a étudié les sous-ensembles de 169  échantillons de tissus de carcinome séreux et les données génomiques et cliniques d'accompagnement de l'Atlas du génome du cancer (TCGA), un effort de collaboration pour cartographier les mutations génétiques du cancer. Le travail sur le cancer de l'ovaire a été achevée en 2011.

L'équipe Johns Hopkins initialement a sélectionné 122 des échantillons en fonction de la capacité de ces tumeurs pour réparer l'ADN endommagé - connu comme un déficit de recombinaison homologue - et caractérisé par des changements dans les gènes, y compris BRCA1, BRCA2 et PTEN, des mutations à long terme liés à un risque accru de cancer et de la gravité.

«Nous avons choisi d'examiner ces échantillons parce que les patientes avec des changements dans ces gènes sont déjà bénéficiaires d'un régime de médicament spécifique pour le cancer du sein, de sorte que si nous pouvions trouver des changements similaires dans les génomes et protéomes de cancer de l'ovaire, ces patients bénéficieraient probablement du même régime, », dit Chan.

L'équipe Pacific Northwest initialement sélectionné 84 échantillons sur la base de la durée globale de survie des patients. "Nous avons examiné les données pour les patientes survivant le moins longtemps et les patients plus longtemps survivants, dans l'espoir d'identifier les facteurs biologiques associés à la survie extrêmement court ou mieux que la moyenne, une survie plus longue», dit Rodland.

Puis, à travers leur participation à la tumeur protéomique clinique Analyse Consortium (CPTAC), un programme de l'Institut national du cancer des Etats-Unis qui a financé les deux équipes, les deux équipes ont combiné leurs efforts.

En utilisant la mesure des protéines et des techniques d'identification, telles que la spectrométrie de masse, les équipes ont identifié 9600 protéines dans toutes les tumeurs et poursuivis étude sur 3.586 protéines communes à tous les échantillons de tumeur 169.

Une caractéristique du cancer, et en particulier le carcinome séreux de haut grade, est l'apparition de plusieurs copies de certaines régions du génome. Ces copies avec nombre de modifications peuvent entraîner des changements dans l'abondance de la protéine. Lorsque les chercheurs ont comparé les régions connues du nombre de copies des modifications, ils ont constaté que les parties de chromosomes 2, 7, 20 et 22 ont conduit à des changements vers l'abondance de plus de 200 protéines. Une étude plus approfondie de ces 200 protéines a révélé que beaucoup sont impliqués dans le mouvement des cellules et la fonction du système immunitaire, les deux processus impliqués dans la progression du cancer, disent les chercheurs.

"En comparant les données de chevauchement des échantillons de patients pour trouver des mesures comparables de l'analyse des protéines dans les deux institutions, nous pensons que nos résultats indiquent une excellente rigueur scientifique et la reproductibilité», dit Rodland.

Ce travail devrait donner aux chercheurs partout dans le monde une multitude d'informations crédibles, il continue, en raison du nombre d'échantillons étudiés, le nombre de protéines étudiées dans chaque échantillon, et la capacité de croiser des références et il permet e mettre en corrélation les nouvelles données de protéines avec le génome TCGA et les données du transcriptome. "En bref, en ajoutant le protéome au-dessus du génome - ce que nous appelons la proteogenomique - a fourni une nouvelle dimension de l'information qui a permis la découverte de nouvelles connaissances biologiques dans le cancer de l'ovaire, tout en créant une ressource précieuse pour la communauté scientifique», dit Rodland.

"Le carcinome séreux de haut grade est une maladie difficile, nécessitant des soins cliniques complexes pour atteindre la survie à long terme. Ces nouvelles connaissances nous donne de nouvelles directions pour tester en laboratoire et clinique», dit Douglas A. Levine, MD, directeur de gynécologie oncologie à Laura et Isaac Perlmutter Cancer Center à NYU Langone Medical Center. "Cette analyse proteogenomic nous aidera à améliorer les résultats et la qualité de vie des patients."

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MessageSujet: Re: Étude des protéines.   Mer 15 Juin 2016 - 16:10

Scientists at The Scripps Research Institute (TSRI) have developed a powerful new method for finding drug candidates that bind to specific proteins.

The new method, reported in this week's issue of Nature, is a significant advance because it can be applied to a large set of proteins at once, even to the thousands of distinct proteins directly in their native cellular environment. The TSRI researchers demonstrated the technique to find "ligands" (binding partners) for many proteins previously thought to bind poorly to small molecules that can be used to determine the functions of their protein targets and can serve as starting compounds for the development of drugs.

Among the newly discovered ligands are selective inhibitors of two caspase enzymes, which have key roles in multiple diseases but have largely eluded efforts to target them with drugs.

"Our data suggest that the human proteome is much more broadly targetable with small molecules than has been previously appreciated," said principal investigator Benjamin F. Cravatt, chair of the Department of Chemical Physiology and member of the Dorris Neuroscience Center and Skaggs Institute for Chemical Biology at TSRI. "That opens up new possibilities for developing scientific probes and ultimately drugs."

Putting Fragments to Use

Researchers have long sought better ways to identify small-molecule ligands for human proteins and to determine which proteins in our cells are inherently "ligandable." Biologists typically have used complex computer algorithms to predict whether a given class of proteins can bind adequately to small molecules. Pharmaceutical researchers often won't even try to develop drugs to target proteins that are thought unligandable. Several large protein classes are believed to be in this category, and so far only about 600 of the roughly 20,000 human proteins have been targeted successfully with FDA-approved drugs.

"There really hasn't been a way to determine empirically, rather than theoretically, what fraction of the human proteome can be targeted by small molecules," Cravatt said.

The new method is partly based on an approach known as fragment-based ligand discovery, which uses candidate ligand molecules about half the size of the small molecules in pill-based drugs. For initial screens to find potential ligands, such "fragment" molecules are much more efficient than drug-sized molecules, requiring much smaller libraries of compounds for a thorough search.

Cravatt's team attached candidate fragment molecules to a class of other molecules that, when they can get close enough, react strongly with cysteine amino-acids on proteins, locking the ligands to the proteins with strong "covalent" bonds.

"You still need an affinity-based interaction, but the covalent bonding event provides a significant boost in potency," said Keriann M. Backus, a research associate in the Cravatt laboratory who is first author of the study with TSRI Professional Scientific Collaborator Bruno Correia.

The scientists devised a screening system in which they can apply these covalent-bonding fragment molecules one by one to entire collections of proteins expressed in human cells. The method can even be used with intact, living cells in a culture dish. The system allows researchers to detect and identify which small-molecule fragments have bound covalently to which proteins in the samples and which specific sites on the proteins are responsible for binding.

Applying a small library of cysteine-reactive fragments to the proteins found in two types of human cancer cells, the scientists found that the fragments successfully "liganded" more than 750 different cysteines found on more than 600 distinct proteins -- which equated to more than 20 percent of all the proteins assayed in the samples.

Many of these proteins belonged to protein classes, such as transcription factors, that have been considered virtually unligandable, and therefore "undruggable." In fact, about 85 percent of the newly liganded proteins are not listed in a standard database of proteins with known small-molecule ligands.

"This experiment has effectively expanded what we think of as the ligandable proteome," said Backus.

Potential to Develop Probes and Drugs

The researchers were able to confirm the accuracy of the system, for example, by showing that it can identify the known protein targets of a covalent-binding anti-cancer drug, ibrutinib.

The team also demonstrated that some of the protein-binding ligand molecules identified with the system have strong biological activity -- and thus have the potential to be developed into scientific probes or drugs. Newly discovered ligands for the enzymes IDH1 and IDH2, for example, turned out to block the activity of the normal versions of the enzymes as well as the mutant versions implicated in many cancers.

In a final set of experiments, the team showed that one of its identified ligands inhibits the activities of caspase-8 and caspase-10, two enzymes that help switch on the cellular self-destruct process known as apoptosis. An excess of apoptosis is thought to contribute to neurodegenerative conditions such as Alzheimer's and Huntington's disease, as well as the brain damage occurring in the aftermath of strokes and other brain injuries. By contrast, a lack of apoptosis in certain cells is believed to contribute to cancers and autoimmune diseases. However, scientists don't understand enough about the roles of these enzymes, since they have been largely unable to find small molecules that selectively inhibit specific caspases.

In this case, Cravatt's team found that their initially identified anti-caspase ligand works by binding the precursor forms of caspase-8 and -10. They chemically modified the ligand into one that selectively binds just the precursor of caspase-8, and, using their two ligands as probes, were able to discover new details of how caspase-8 and -10 promote apoptosis in human T-cells.

"In essence, we demonstrated that our new platform works and that we can use the ligands it identifies to do useful biology," said Backus.

Backus and other members of the Cravatt laboratory are now doing several further studies: optimizing many of the newly identified ligands into probes for exploring protein functions; making a more comprehensive catalogue of cysteine-containing proteins that are ligandable; and expanding the method to target other amino-acids besides cysteine.

"We will be occupied for some time following up on this development," said Cravatt.

---

Les scientifiques de l'Institut de recherche Scripps (IRST) ont développé une nouvelle méthode puissante pour trouver des candidats médicaments qui se lient à des protéines spécifiques.

La nouvelle méthode, publiée dans le numéro de cette semaine de Nature, est une avancée importante, car elle peut être appliquée à un grand nombre de protéines à la fois, même des milliers de protéines distinctes directement dans leur environnement cellulaire natif. Les chercheurs IRST ont démontré la technique de trouver des "ligands" (partenaires de liaison) pour de nombreuses protéines que l'on croyait se lier mal aux petites molécules qui peuvent être utilisées pour déterminer les fonctions de leurs cibles protéiques et peuvent servir de composés de départ pour le développement de médicaments.

Parmi les ligands nouvellement découverts sont des inhibiteurs sélectifs de deux enzymes de caspase, qui ont un rôle clé dans de nombreuses maladies, mais pour lesquels les efforts des scientifiques ont été largement éludés pour les cibler avec des médicaments.

"Nos données suggèrent que le protéome humain peut être  beaucoup plus largement ciblé avec de petites molécules que ce qui a été précédemment apprécié», a déclaré le chercheur principal Benjamin F. Cravatt, président du Département de physiologie chimique et membre du Centre et Skaggs Institut Dorris Neuroscience pour Chemical Biologie à l'IRST. "Cela ouvre de nouvelles possibilités pour le développement de sondes scientifiques et, finalement, des médicaments."

Des Fragments à utiliser

Les chercheurs ont longtemps cherché de meilleures façons d'identifier les ligands de petites molécules pour les protéines humaines et de déterminer quelles protéines dans nos cellules sont intrinsèquement "ligandable." Les biologistes ont généralement utilisé des algorithmes informatiques complexes pour prédire si une classe donnée de protéines peut se lier de manière adéquate aux petites molécules. chercheurs pharmaceutiques souvent ne vont même pas essayer de développer des médicaments pour cibler des protéines que l'on pense unligandable. Plusieurs grandes classes de protéines sont soupçonnés d'être dans cette catégorie, et jusqu'à présent, seulement 600 des protéines sur environ 20.000 protéines humaines ont été ciblés avec succès avec des médicaments approuvés par la FDA.

«Il n'y a pas vraiment eu un moyen de déterminer de façon empirique, plutôt que théorique, quelle fraction du protéome humain peut être ciblé par de petites molécules», a déclaré Cravatt.

La nouvelle méthode est basée en partie sur une approche connue sous le nom de découverte de ligand à base de fragment, qui utilise des molécules de ligand candidates environ de la moitié de la taille des petites molécules dans les médicaments à base de pilules. Pour les tests initiaux pour trouver des ligands potentiels, de tels "fragments" de molécule sont beaucoup plus efficaces que les molécules de la taille de médicament, ce qui nécessite beaucoup plus petites bibliothèques de molécules pour une recherche approfondie.

L'équipe de Cravatt a joint les fragments de molécules candidat à une classe d'autres molécules qui, quand elles peuvent être assez proche, réagissent fortement avec les acides aminés cystéine dans les protéines, et verrouillent des ligands aux protéines avec des liaisons "covalentes" fortes.

"Vous avez encore besoin d'une interaction basée sur l'affinité, mais l'événement de liaison covalente fournit une importante augmentation de la puissance", a déclaré Keriann M. Backus, un associé de recherche dans le laboratoire Cravatt qui est le premier auteur de l'étude avec IRST Professional Scientific Collaborator Bruno Correia .

Les scientifiques ont mis au point un système de sélection dans lequel on peut tester ces fragments de molécules se liant de façon covalente une par une à des collections entières de protéines exprimées dans les cellules humaines. La méthode peut même être utilisée avec des cellules vivantes intactes dans une boîte de culture. Le système permet aux chercheurs de détecter et d'identifier lesquels des fragments de petites molécules ont lié de façon covalente à laquelle les protéines dans les échantillons et quels sites spécifiques sur les protéines sont responsables de la liaison.

L'application d'une petite bibliothèque de fragments de cystLe éine réactive  aux protéines présentes dans deux types de cellules cancéreuses humaines, les scientifiques ont constaté que les fragments ont avec succès "ligandé" plus de 750 cysteines différentes trouvés sur plus de 600 protéines distinctes - ce qui équivaut à plus de 20 pour cent de toutes les protéines dosées dans les échantillons.

Un grand nombre de ces protéines appartiennent à des classes de protéines, telles que des facteurs de transcription, qui ont été considérés comme pratiquement "unligandable", et donc «undruggable». En fait, environ 85 pour cent des protéines nouvellement ligandé ne sont pas répertoriés dans une base de données standard de protéines avec des ligands de petites molécules connues.

«Cette expérience a effectivement élargi ce que nous considérons comme le protéome ligandable", a déclaré Backus.

Le Potentiel de développer des sondes et des médicaments.

Les chercheurs ont été en mesure de confirmer l'exactitude du système, par exemple, en montrant qu'il peut identifier les cibles protéiques connues d'un médicament anti-cancer, Ibrutinib.

L'équipe a également démontré que certaines des molécules de ligands de protéines de liaison identifiés avec le système ont une activité biologique forte - et ont donc le potentiel d'être développé dans des sondes scientifiques ou des médicaments. des ligands pour les enzymes IDH1 et IDH2 nouvellement découvert, par exemple, se révèle bloquer l'activité des versions normales des enzymes ainsi que les versions mutantes impliquées dans de nombreux cancers.

Dans une dernière série d'expériences, l'équipe a montré que l'un de ses ligands identifiés inhibe les activités de caspase-8 et de la caspase-10, deux enzymes qui aident l'interrupteur sur le processus d'auto-destruction cellulaire appelé apoptose. Un excès de l'apoptose est pensé pour contribuer à des maladies neurodégénératives telles que la maladie d'Alzheimer et la maladie de Huntington, ainsi que les lésions cérébrales survenant à la suite d'accidents vasculaires cérébraux et d'autres lésions cérébrales. En revanche, l'absence d'apoptose dans certaines cellules est censé contribuer à des cancers et aux maladies auto-immunes. Cependant, les scientifiques ne comprennent pas assez sur le rôle de ces enzymes, car ils ont été largement incapables de trouver de petites molécules qui inhibent sélectivement des caspases spécifiques.

Dans ce cas, l'équipe de Cravatt a constaté que leur ligand anti-caspase initialement identifié fonctionne par liaison à des formes précurseurs de caspase-8 et -10 . Ils modifiés chimiquement le ligand en un seul qui se lie sélectivement seulement au précurseur de la caspase-8, et, en utilisant les deux ligands comme sondes, ont pu découvrir de nouveaux détails de la façon dont la caspase-8 et 10 favoriser l'apoptose dans les lymphocytes T humains.

«Essentiellement, nous avons démontré que notre nouvelle plate-forme fonctionne et que nous pouvons utiliser les ligands qu'il identifie à faire de la biologie utile", a déclaré Backus.

Backus et d'autres membres du laboratoire Cravatt font maintenant plusieurs autres études: optimisation de la plupart des ligands nouvellement identifiés dans des sondes pour explorer les fonctions des protéines; faire un catalogue plus complet de protéines contenant de la cystéine qui sont "ligandable"; et l'expansion de la méthode pour cibler d'autres acides aminés en plus cystéine.

«Nous serons occupés pendant un certain temps suite à ce développement», a déclaré Cravatt.

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MessageSujet: Re: Étude des protéines.   Sam 18 Aoû 2012 - 10:24

(Aug. 16, 2012) — Using advanced computer simulations, University of Utah College of Pharmacy researchers have produced moving images of a protein complex that is an important target for anti-cancer drugs. This advancement has significant implications for discovering new therapies that could attack cancer without damaging the DNA of healthy cells, according to an article published July 31, 2012 in the Proceedings of the National Academy of Sciences.

Utilisant des simulations par technique avancée par ordinateur, des chercheurs ont produit des films d'un complexe de protéines qui est une cible importante pour des médicaments anti-cancer. Cet avancement a d'importantes implications dans la découverte de nouvelles thérapies qui pourraient attaquer le cancer sans endommager l'Adn des cellules saines.

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MessageSujet: Re: Étude des protéines.   Mer 8 Mar 2006 - 8:41

Un peu la même idée en France :


Dans le cadre du pôle de compétitivité Meditech, vient d'être lancé le projet CReMEC, qui vise à créer un centre de ressources de modèles expérimentaux de cancer afin d'accélérer la découverte de nouvelles molécules anticancéreuses. Le projet est réalisé en partenariat entre Sanofi-Aventis, Servier, Ipsen, Oncodesign et les unités de recherche et institutions réunies dans le Cancéropôle Ile-de-France. L'enjeu est ainsi de créer un accès unique à des modèles expérimentaux in vivo pertinents et dotés d'une meilleure capacité de prédiction de l'efficacité thérapeutique en clinique humaine.

Dans une première phase prévue pour trois ans, les travaux se concentreront sur la constitution de banques de données sur les caractéristiques des modèles existants, sur l'établissement de modèles de xénogreffes de cancer du côlon et sur la recherche fondamentale pour comprendre les facteurs de transplantabilité associés à la prise de xénogreffes. Ces études devraient se prolonger par la mise en place d'une structure commune d'exploitation.


Communiqué Meditech - 16 février 2006
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MessageSujet: Étude des protéines.   Mer 8 Mar 2006 - 6:58

Selon un chercheur chez Johns Hopkins :

"Notre étude révèle un nouveau moyen d'étudier les protéines "live". Nous avons étudié une protéine " tyrosine kinase" impliqué dans le cancer. Cette méthode aide à identifier des cibles thérapeuthiques pour produire de nouveaux médicaments contre le cancer."

Dans cette étude, Cole et ses collègues ont examiné la tyrosine kinase Src (prononcé SARK), une importante protéine pour le cancer que les scientistes ont étudiés beaucoup mais qui n'a pas révélé tous ses secrets encore. Les chercheurs chez Johns Hopkins ont développé une mutation spéciale de cette protéine et l'ont incorporé dans les cellules d'un animal vivant. La version de Src était inactive mais contenait un "démarreur" qui pouvait l'activer.

Ils ont déterminés qu'une petite molécule, nommée imidazole, pouvait être la clef du démarreur. L'imidazole va dans une poche de la structure du Src muté, ce qui a pour effet de réparer la strucutre et de réhabiliter l'activité de Src. Si on retire l'imidazole, l'activité de la protéine s'arrête de nouveau.

"Cette stratégie procure un environnement controlé ou l'on peut étudié le Src" dit Cole " Ça nous aide à découvrir des aspects inatendus et inconnus sur comme cette protéine créé son ravage et donc des traitements qui peuvent découler de ces observations. Déja, le modèle nous montre que Src interagit avec Crkl, une protéine dont on ne savait pas qu'elle interagissait avec Src."

"L'étude a aussi démontré que Src activait la cascade de MAP kinase, ce qui a aidé a transmettre l'information à partir des molécules "facteur de croissance" qui aide au développement des cellules cancéreuses. Auparavant le rôle de Src dans ces évênements étaient controversés."                                                                                                                                                    
"Comprendre les fonctions de différentes protéines dans leur fonctionnement normal et anormal est crucial pour le développement d'un traitement parce que ça aide à identifier de nouvelles cibles thérapeuthiques" dit Cole " Des vues sur la tyrosine kinase en fonction sont particulièrement importantes pour trouver de nouveaux traitements parce que les scientifiques pensent que plusieurs types de cette protéine sont impliqués. Par exemple le Gleevec qui est utilisé pour le tumeurs gastrointestinales et la leucémie chronique est la plus merveilleuse arme contre le cancer depuis nombre d'années et ça marche en bloquant l'activité de tyrosine kinase"

Pour le futur, Cole et ses collègues veulent examiner le rôle de Src dans le cancer en utilisant leur nouveau modèle. Ils veulent aussi adapté leur approche pour développer un banc d'essai pour les médicaments.                                                                

Dans le future ce sera aussi possible d'utiliser leur technique chimique pour réparer des protéines qui ont mutés pour certaine maladies génétiques.
                                                                         
Article traduit de l'anglais qui peut comporté des erreurs et des incongruités mais que je trouvais plutôt encourageant parce qui montre des progrès dans la façon dont les chercheurs travaillent - enfin autant que je peux en juger.


Dernière édition par Denis le Mer 15 Juin 2016 - 16:10, édité 1 fois
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MessageSujet: Re: Étude des protéines.   Aujourd'hui à 18:19

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