La recherche et la cartographie du génome

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MessageSujet: Re: La recherche et la cartographie du génome   La recherche et la cartographie du génome Icon_minitimeLun 16 Oct 2017 - 16:15

Our genomes help to determine who we are -- the countless variations between individuals that encode the complexity of tissues and functions throughout the body. Since scientists first decoded a draft of the human genome more than 15 years ago, many questions have lingered, two of which have been addressed in a major new study co-led by a Princeton University computer scientist: Is it possible, despite the complexity of billions of bits of genetic information and their variations between people, to develop a mechanistic model for how healthy bodies function? Furthermore, can this model be used to understand how certain diseases emerge?

On Oct. 11, scientists came the closest yet to delivering an answer of "Yes." An international consortium of researchers in the Genotype-Tissue Expres​sion(GTEx) Consortium published findings about how genetic variation effects gene regulation in 44 human tissue types. Reported in the journal Nature, the data help to establish a baseline understanding of the diversity of genetic roles in maintaining human tissues. The researchers said the work demonstrates that, in fact, multi-tissue, multi-individual data can be used to identify the mechanisms of gene regulation and help to study the genetic basis of complex diseases.

The research that led to these findings is part of a larger effort to better understand gene regulation and expression, carried out by the GTEx Consortium, a National Institutes of Health-funded group that includes researchers from around 80 institutions founded in 2010.

"The ultimate goal is to understand gene expression and gene regulation in a diversity of tissue types," said Barbara Engelhardt, an assistant professor in the Department of Computer Science at Princeton University, who is one of four corresponding authors of the paper and a GTEx principal investigator. "This is absolutely critical to understanding how dysregulation may lead to disease."

Scientists are only beginning to reveal, for example, how genetic variation in our 22,000 genes -- as well as "non-coding" regions in the genome -- help to shape complex traits, from a person's height to whether he or she develops autism. Further, scientists seek to understand interactions between multiple genes and the environment. The same unknowns hold true for how genetic variation contributes to disorders such as schizophrenia and Parkinson's disease.

Teasing apart these complexities first requires characterizing how healthy tissues function, which in turn requires tissue samples. To obtain those samples, GTEx researchers requested consent from family members to collect small pieces of up to 50 different tissues immediately after a donor's death. Samples range from various organs and blood, and include ten brain sub-regions. This work represents data across 449 donors.

"These types of tissue are incredibly difficult to get from healthy living donors," Engelhardt said. "With endless thanks to the donors, we have these samples as a resource. We can now explain observed relationships between genotype and disease by looking at the effects of the genotypes that lead to higher risk of the disease on gene expression levels in disease-specific tissues, including brain."

While the research is still ongoing, this latest study represents the largest analysis to date, including over 7,000 tissue samples. Engelhardt's group was responsible for mapping associations between genetic variants and gene expression levels on different chromosomes, a connection known as "trans-expression quantitative trait loci (trans-eQTLS)." In contrast, cis-eQTLs -- which account for the majority of genetic variation that affects gene expression -- regulate genes located nearby on the same chromosome. Trans-eQTLs in particular have proven especially difficult to identify because of their biological and statistical complexity, Engelhardt said, but they might hold clues for explaining complex traits in a more comprehensive way than cis-eQTLs.

Engelhardt and her group's role in the study included mapping and interpreting trans-eQTLs that they identified in the tissue samples. After clearing the samples of variance due to technical artifacts that could potentially confound the findings, they performed 3.5 trillion statistical tests against every mutation in the genome compared to every expressed gene in each of the 44 tissues. They used additional statistical techniques to correct for false positives in the data, which left them with several hundred trans-eQTLs. In the study, they additionally confirmed that nearby genetic variation in the form of cis-eQTLs affected expression of about 50 percent of genes in the samples. This work suggests, however, that this figure will climb to closer to 100 percent when more samples are added in the future.

"The extensive catalogue generated by the GTEx consortium takes us one step closer to decoding the regulatory code of the genome," said Yoav Gilad, a geneticist at the University of Chicago who was not involved in the study but was a scientific reviewer on the paper. "The consequences of genetic variation on gene expression are gradually becoming clearer."

One trans-eQTL variant revealed in the study that was of particular interest was a mutation known to increase the risk of thyroid cancer. It is situated just next to a thyroid-specific transcription factor, a protein that regulates the rate of gene expression in the thyroid. Prior to the study, the broad effects of the thyroid-specific transcription factor, called FOXE1, on transcription levels of genes were not well characterized. The researchers were able to replicate this finding by comparing the healthy thyroid tissues in GTEx to 500 samples taken from thyroid tumors, compiled by The Cancer Genome Atlas, and giving support to the extensive impact of FOXE1 on cellular state.

With these findings, "we can start to think about how to target specific genes for creating therapies for thyroid cancer," Engelhardt said. "Many thyroid diseases will be impacted by changing the expression levels of the thyroid-specific transcription factor, so we want to investigate FOXE1 more carefully in future work."

While the study represents a strong start for understanding how eQTLs affect gene regulation and expression, Engelhardt pointed out that she and her colleagues still do not have enough samples to understand trans-eQTLs as deeply as they would like. The GTEx consortium is currently working on an analysis that includes almost three times as many samples as this current study. In addition, they hope to soon extend the project to new, underrepresented populations and build on existing efforts.

"The value of this dataset is in understanding and interpreting results in genome-wide studies," Engelhardt said. "It's already been extremely effective in understanding inherited diseases, and hopefully, as a resource, it continues to improve with more samples and better analyses."


Nos génomes aident à déterminer qui nous sommes - les innombrables variations entre les individus qui codent la complexité des tissus et des fonctions dans tout le corps. Depuis que les scientifiques ont décodé pour la première fois une ébauche du génome humain il y a plus de 15 ans, de nombreuses questions se sont posées, dont deux ont été abordées dans une nouvelle étude co-dirigée par un informaticien de l'Université de Princeton: Il y a des milliards de bits d'informations génétiques et leurs variations entre les personnes, peut-on développer un modèle mécaniste sur la façon dont les corps sains fonctionnent? De plus, ce modèle peut-il être utilisé pour comprendre comment certaines maladies émergent?

Le 11 octobre, les scientifiques sont venus le plus près de fournir une réponse «Oui» à ces questions. Un consortium international de chercheurs du consortium Genotype-Tissue Expres​sion(GTEx) a publié des conclusions sur la façon dont la variation génétique influe sur la régulation des gènes dans 44 types de tissus humains. Rapportés dans la revue Nature, les données aident à établir une compréhension de base de la diversité des rôles génétiques dans le maintien des tissus humains. Les chercheurs ont indiqué que les travaux démontrent qu'en fait, des données multi-tissus et multi-individuelles peuvent être utilisées pour identifier les mécanismes de régulation des gènes et aider à étudier la base génétique de maladies complexes.

La recherche qui a mené à ces résultats s'inscrit dans le cadre d'un effort plus vaste visant à mieux comprendre la régulation et l'expression des gènes, réalisée par le GTEx Consortium, un groupe financé par les National Institutes of Health.

"L'objectif ultime est de comprendre l'expression des gènes et la régulation des gènes dans une diversité de types de tissus", a déclaré Barbara Engelhardt, professeur assistant au Département d'informatique de l'Université de Princeton, qui est l'un des quatre auteurs correspondants du GTEx chercheur principal. "Ceci est absolument essentiel pour comprendre comment un dérèglement peut conduire à la maladie."

Les scientifiques commencent seulement à révéler, par exemple, comment la variation génétique de nos 22 000 gènes - ainsi que les régions «non codantes» du génome - aident à former des traits complexes, de la formation d'une personne vers l'autisme . De plus, les scientifiques cherchent à comprendre les interactions entre plusieurs gènes et l'environnement. Les mêmes inconnues expliquent comment la variation génétique contribue à des troubles tels que la schizophrénie et la maladie de Parkinson.

Pour séparer ces complexités, il faut d'abord caractériser le fonctionnement des tissus sains, ce qui nécessite des échantillons de tissus. Pour obtenir ces échantillons, les chercheurs de GTEx ont demandé le consentement des membres de la famille pour recueillir de petits morceaux de 50 tissus différents immédiatement après le décès d'un donneur. Les échantillons vont de divers organes et du sang, et comprennent dix sous-régions du cerveau. Ce travail représente des données sur 449 donateurs.

"Ces types de tissus sont incroyablement difficiles à obtenir de donneurs vivants en bonne santé", a déclaré Engelhardt. «Nous pouvons maintenant expliquer les relations observées entre le génotype et la maladie en examinant les effets des génotypes qui conduisent à un risque plus élevé de la maladie sur les niveaux d'expression des gènes dans des maladies spécifiques à la maladie tissus, y compris le cerveau. "

Bien que la recherche soit toujours en cours, cette dernière étude représente la plus grande analyse à ce jour, incluant plus de 7 000 échantillons de tissus. Le groupe d'Engelhardt était chargé de cartographier les associations entre les variants génétiques et les niveaux d'expression des gènes sur différents chromosomes, une connexion connue sous le nom de «trans-expression quantitative trait loci (trans-eQTLS)». En revanche, les cis-eQTLs - qui représentent la majorité des variations génétiques affectant l'expression des gènes - régulent les gènes situés à proximité sur le même chromosome. En particulier, les trans-eQTL se sont révélés particulièrement difficiles à identifier en raison de leur complexité biologique et statistique, explique Engelhardt, mais ils pourraient fournir des indices pour expliquer les traits complexes d'une manière plus complète que les cis-eQTL.

Le rôle d'Engelhardt et de son groupe dans l'étude comprenait la cartographie et l'interprétation des trans-eQTL qu'ils ont identifiés dans les échantillons de tissus. Après avoir éliminé les échantillons de variance dus à des artefacts techniques qui pourraient potentiellement confondre les résultats, ils ont effectué 3,5 trillions de tests statistiques contre chaque mutation du génome par rapport à chaque gène exprimé dans chacun des 44 tissus. Ils ont utilisé des techniques statistiques supplémentaires pour corriger les faux positifs dans les données, ce qui leur a laissé plusieurs centaines de trans-eQTL. Dans l'étude, ils ont en outre confirmé que la variation génétique à proximité sous la forme de cis-eQTL affectait l'expression d'environ 50 pour cent des gènes dans les échantillons. Ce travail suggère toutefois que ce chiffre grimpera à près de 100% lorsque davantage d'échantillons seront ajoutés à l'avenir.

"Le vaste catalogue généré par le consortium GTEx nous rapproche un peu plus du décodage du code de régulation du génome", a déclaré Yoav Gilad, un généticien de l'Université de Chicago qui n'était pas impliqué dans l'étude mais était un critique scientifique sur le papier . "Les conséquences de la variation génétique sur l'expression des gènes deviennent progressivement plus claires".

Une variante trans-eQTL révélée dans l'étude qui présentait un intérêt particulier était une mutation connue pour augmenter le risque de cancer de la thyroïde. Il est situé juste à côté d'un facteur de transcription spécifique à la thyroïde, une protéine qui régule le taux d'expression des gènes dans la thyroïde. Avant l'étude, les effets généraux du facteur de transcription spécifique à la thyroïde, appelé FOXE1, sur les niveaux de transcription des gènes n'étaient pas bien caractérisés. Les chercheurs ont pu reproduire cette découverte en comparant les tissus thyroïdiens en bonne santé dans GTEx à 500 échantillons prélevés sur des tumeurs thyroïdiennes compilées par The Cancer Genome Atlas et en soutenant l'impact considérable de FOXE1 sur l'état cellulaire.

Avec ces résultats, "nous pouvons commencer à réfléchir à la façon de cibler des gènes spécifiques pour la création de thérapies pour le cancer de la thyroïde", a déclaré Engelhardt. "De nombreuses maladies de la thyroïde seront affectées par la modification des niveaux d'expression du facteur de transcription spécifique de la thyroïde, nous voulons donc étudier plus attentivement FOXE1 dans les travaux futurs."

Bien que l'étude représente un début solide pour comprendre comment les eQTL affectent la régulation et l'expression des gènes, Engelhardt a souligné qu'elle et ses collègues n'ont toujours pas suffisamment d'échantillons pour comprendre les trans-eQTL aussi profondément qu'ils le souhaiteraient. Le consortium GTEx travaille actuellement à une analyse qui comprend près de trois fois plus d'échantillons que cette étude actuelle. En outre, ils espèrent étendre rapidement le projet à de nouvelles populations sous-représentées et s'appuyer sur les efforts existants.

"La valeur de cet ensemble de données est dans la compréhension et l'interprétation des résultats dans les études à l'échelle du génome", a déclaré Engelhardt. "Il a déjà été extrêmement efficace dans la compréhension des maladies héréditaires et, espérons-le, en tant que ressource, il continue de s'améliorer avec plus d'échantillons et de meilleures analyses."
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MessageSujet: Re: La recherche et la cartographie du génome   La recherche et la cartographie du génome Icon_minitimeVen 3 Mai 2013 - 15:56

Différents cancers partagent des mutations génétiques similaires confirment deux recherches portant respectivement sur la leucémie myéloïde aiguë et le cancer utérin, ouvrant la voie à des traitements ciblés plus efficaces.

L'étude sur le cancer du sang paraît dans le New England Journal of Medicine daté du 2 mai et celle sur le cancer de l'utérus est publiée dans la revue britannique Nature.

Ces recherches s'inscrivent dans le cadre d'un vaste projet des Instituts américains de la santé (NIH) appelé «Cancer Genome Atlas Project» visant à décoder l'empreinte génétique de 10.000 tumeurs qui recouvrent une vingtaine de cancers différents.

Ce projet a déjà permis d'apporter d'importants éclairages sur les cancers du sein, du poumon et du côlon en révélant des relations génétiques entre eux et avec d'autres tumeurs.

Ainsi un type de cancer du sein présente des mutations génétiques très similaires à celui de l'ovaire. Des cancers du côlon ont souvent des mutations trouvées dans le cancer du sein et environ la moitié des cancers du poumon pourraient répondre à des traitements utilisés contre d'autres tumeurs, expliquent les chercheurs.

Ces recherches génomiques bouleversent l'approche clinique du cancer qui de plus en plus est classé en fonction de ses caractéristiques génétiques plus que de l'organe qu'il touche.

La dernière étude sur la forme la plus agressive de cancer utérin ressemble aux cancers les plus graves de l'ovaire et du sein, selon les auteurs de l'étude qui ont analysé 373 tumeurs.

Ces chercheurs ont également déterminé qu'une mutation du gène PI3K était plus fréquente dans les tumeurs utérines que dans n'importe quels autres cancers étudiés dans le projet Atlas.

Plusieurs laboratoires ont développé des molécules qui pourraient être utilisées contre le cancer utérin dont 50 000 nouveaux cas apparaissent chaque année aux États unis. Ce cancer fait 8 000 morts par an.

La recherche sur la leucémie aiguë qui a porté sur 200 malades a identifié au moins 260 mutations génétiques, dont celles qui se retrouvaient systématiquement dans les formes les plus graves.

La leucémie myéloïde aiguë, la plus fréquente chez les adultes, est diagnostiquée chez 14 000 Américains chaque année dont 10 000 en meurent.
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MessageSujet: Re: La recherche et la cartographie du génome   La recherche et la cartographie du génome Icon_minitimeVen 11 Fév 2011 - 12:49

Le code génétique du cancer de la prostate vient d’être "cracké", soit 3.866 mutations génétiques identifiées, avec ces nouvelles recherches qui permettent de comprendre les raisons génétiques complexes pour lesquelles certains hommes peuvent développer un cancer de la prostate et d'autres pas. C’est le travail de plusieurs instituts de recherche à travers les États-Unis financé par de nombreuses organisations américaines, dont les National Cancer Institute and National Institutes of Health. Des conclusions importantes, - le cancer de la prostate étant la deuxième cause de décès par cancer chez les hommes - publiées dans l’édition du 10 février de la revue Nature.

La recherche de séquences entières numérisées de la génétique des tumeurs de la prostate et leur comparaison à la génétique de cellules saines du même patient a permis en effet, d’identifier une série de mutations puis les modèles génétiques qui décrivent comment l'ADN est parfois réarrangé dans ces tumeurs. Les chercheurs suggèrent que ces modèles sont spécifiques au cancer de la prostate et peuvent jouer un rôle important dans son développement.

Il faudra un certain temps avant que ces connaissances puissent être utilisées dans le diagnostic ou le traitement car ce sont plusieurs milliers de mutations identifiées pour chaque tumeur et l'effet spécifique à chaque mutation doit encore être précisé.

L'analyse a été menée sur 7 tumeurs chez 7 hommes, ce qui en fait, tout de même une étude limitée. Les chercheurs ont entrepris de séquencer le code de l'ADN de cellules cancereuses de la prostate. Des recherches antérieures, à travers des études d'associations pangénomiques, avaient déterminé que 9 variantes dans le code de l'ADN sont associées à un risque accru de cancer.

Suivre l’évolution des cellules saines vers des cellules cancéreuses : Mais la méthode de cette récente recherche diffère, car ici, les chercheurs sont parvenus à "lire" la totalité du code génétique des cellules d'une personne atteinte de cancer de la prostate et l'ont comparée avec la séquence génétique des cellules de cette même personne avec sa prostate en bonne santé. En utilisant cette méthode, les chercheurs ont pu identifier les évolutions et les mutations génétiques intervenues dans ces cellules au fur et à mesure qu'elles devenaient cancéreuses. Pour cela, les chercheurs ont utilisé l'ADN extrait d'échantillons de tumeurs de la prostate de 7 hommes ayant subi une prostatectomie radicale. Des échantillons de sang de ces hommes ont également été prélevés, l'ADN extrait du sang étant utilisé comme témoin.

Les chercheurs ont séquencé le génome entier de cellules cancéreuses de la prostate, à la recherche des mutations et variations qui n'existaient pas dans les cellules normales du même patient. Une partie des mutations détectées ont été contrôlées en utilisant des méthodes différentes pour valider le processus original. Ce sont 3.866 mutations d'une seule lettre du code génétique de chaque tumeur, un taux de mutation similaire à celui observé dans la leucémie myéloïde aiguë et le cancer du sein, mais inférieure à celui observée dans le cancer du poumon à petites cellules et le cancer de la peau.

2 des 7 tumeurs testées présentaient des mutations dans deux gènes, appelés SPTA1 et SPOP, dans 3 des 7 tumeurs, des mutations dans trois gènes appelés CHD1, CHD5 et HDAC9, dans 3 des 7 tumeurs des mutations dans HSPA2, HSPA5 et HSP90AB1. Les chercheurs ont identifié 90 réarrangements chromosomiques dans chaque tumeur et notent que ce nombre est similaire à celui observé dans les cellules du cancer du sein. Les réarrangements ont montré un schéma spécifique jamais vu, auparavant, dans d'autres tumeurs solides.

La découverte de ces nombreuses mutations dans le code génétique des cancers de la prostate, dont certaines sont associées à des gènes connus, conduit les chercheurs à conclure que ces mutations peuvent contribuer au développement de tumeurs de la prostate. Les chercheurs suggèrent également que les réarrangements de l'ADN peuvent être des événements critiques dans l'initiation du cancer de la prostate. Une étude qui doit encore, précisent-ils, être généralisée à un plus grand nombre d’échantillons.
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MessageSujet: y   La recherche et la cartographie du génome Icon_minitimeJeu 24 Déc 2009 - 11:37

Le cancer beaucoup mieux compris

23 décembre 2009

La revue Nature rapporte que des chercheurs sont parvenus à identifier les mutations génétiques de deux cancers mortels, le mélanome La recherche et la cartographie du génome 307276 et le cancer du La recherche et la cartographie du génome 307171.

Des équipes internationales ont effectué deux études pour en arriver à un tel résultat. Cela représente un tournant majeur dans la compréhension de ces maladies et cela transformera maintenant la façon de voir le cancer, selon le responsable du projet Génome Cancer, Mike Stratton, directeur général de l’Institut Wellcome Trust Sanger en Angleterre.

Les chercheurs ont séquencé et comparé la totalité des génomes des cellules tumorales et des cellules normales chez des personnes souffrant de mélanome (cancer de la peau) et chez des patients ayant un cancer du poumon.

Pour le cancer du poumon, on a découvert 23 000 mutations génétiques. Pour le cancer de la peau, c’est 33 000 mutations qui ont été rapportées.

Ces résultats démontrent donc comment la maladie s’est développée au cours des années et permettent donc de mieux diriger notre prévention de la maladie puisqu’on connaît son histoire.
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MessageSujet: Re: La recherche et la cartographie du génome   La recherche et la cartographie du génome Icon_minitimeLun 5 Nov 2007 - 14:55

Le cancer du poumon est mieux compris grâce aux efforts d'une équipe internationale de recherche.

Les généticiens ont identifié une altération au gène NKX2- 1, situé sur le chromosome 14, 9/ qui intervient dans le développement de cancers glandulaires du poumon (adénocarcinomes pulmonaires), l'une des premières causes de décès dans le monde.

Ils ont aussi observé 57 anomalies génétiques dans des tumeurs cancéreuses au poumon, ouvrant la voie au décryptage des origines de ce type de cancer qui représente environ 30 % des cancers du poumon diagnostiqués en Occident.

Selon le chercheur Matthew Meyerson, de l'Institut Broad de l'Université de Harvard, ces nouvelles analyses donnent « une image sans précédent du génome du cancer du poumon ».

Le généticien se dit convaincu que l'identification de ces altérations génétiques fréquemment observées chez les personnes atteintes d'un cancer du poumon permettra de mieux diagnostiquer et soigner ce cancer.

Une quarantaine des altérations identifiées n'étaient pas associées jusqu'ici à des adénocarcinomes pulmonaires.

Le cancer du poumon est la première cause de mortalité par cancer au Canada et dans le monde, avec plus d'un million de décès par an.

Cette recherche était financée par deux organisations américaines, l'Institut national de recherche sur le génome humain (National Human Genome Research Institute) et l'Institut national de la santé (National Institutes of Health).
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MessageSujet: L'étude du génome humain et son utilité.   La recherche et la cartographie du génome Icon_minitimeJeu 28 Déc 2006 - 4:01

La recherche et la cartographie du génome 307171 La recherche et la cartographie du génome 307163 La recherche et la cartographie du génome 307098 La recherche et la cartographie du génome 307141

"Les résultats montre le pouvoir de l'étude de la base du génome humain et ainsi pouvoir étudier plusieurs gènes en même temps" disent les chercheurs.

Dans un effort pour identifier de nouveaux gènes suppresseurs de tumeurs dont le silence peut être important dans le développement du cancer du poumon et du sein, les chercheurs ont examiné quels gènes sont actifs dans ces sortes de tumeurs et les ont comparé à l'expression normale des cellules épthéliales du poumon.

Les chercheurs ont examiné l'expressiion d'une variété de cellules avant et après un traitement avec un médicament qui inhibe la méthylisation.

Les chercheurs ont ainsi identifié approximativement 130 gènes qui pourraient être méthylisé et ainsi réduit au silence pour le poumon, le sein, la prostate et le côlon. Ils ont analysé 45 de ces gènes dans des tissus normaux et cancéreux des mêmes patients et ont trouvé que plusieurs des gènes étaient métylisé spécialement dans les tissus cancéreux.

"Nous avons établi un grand nombre de gène qui sont impliqué dans le développement du cancer du poumon qui, malgré des années d'études du domaine, n'avaient jamais été relié au cancer du poumopn avant" a dit le docteur Minna
On a rapidement étendu l'étude au cancer du sein, de la prostate et du côlon.

"Ce qui nous aurait pris de nombreuses années, nous a pris un mois" dit le docteur Minna. Les gènes découverts peuvent servir de base à un nouveau test pour les cancers les plus courants.

Ces gènes découverts pourraient être ceux qui contrôle la méthylisation et la conversion des cellules normales en cellules cancéreuses, dit le docteur Minna, mais cette possibilité doit encore être tester pour chaque gène.

Même si c'est connu que l'expression des gènes varie grandement d'un tissu à l'autre, les chercheurs espèrent que les similarité des patrons de méthylisation trouvé dans l'étude pourra conduire à une meilleure approche de détection et aider à identifier de nouvelles cibles thérapeuthiques pour soigner quelques uns des cancers les plus importants.

"Nos découvertes suggèrent qu'il pourrait être possible de développer un profil de métylisation standard qui pourrait être utilisé pour tester les patients pour les cancers avec des tumeurs solides et en même temps identifier quel type de tumeur le patient a" dit le docteur Shames.

L'étude démontre également que quelques processus de base qui soustendent le développement du cancer du sein et du poumon sont identiques, même si les composants chimiques qui initie les procédés - l'oestrogène et le tabac par exemple - peuvent être différents.

"J'ai été frappé égalemnt que quelques uns des procédés pourraient être détecté dans des cellules légèrement cancéreuses de femmes à hauts risques plus que chez les femmes à faibles risques" dit Mary L. Brown. "La méthylisation est un processus potentiellement réversible et il pourrait y avoir quelques intervention efficaces qui pourraient réduire le risque pour plusieurs types de cancers simultanément.
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MessageSujet: Atlas génomique du cancer   La recherche et la cartographie du génome Icon_minitimeMer 14 Déc 2005 - 13:26

Projet-pilote américain d'identification des gènes du cancer

ZDNET | 14.12.05 | 08:18

par Maggie Fox
WASHINGTON (Reuters) - Des chercheurs du gouvernement américain ont lancé un projet pilote visant à identifier les multiples modifications génétiques qui sont à l'origine du cancer, dans l'espoir de généraliser une lutte efficace contre la maladie au moyen de traitements ciblés.
Ils espèrent réitérer le succès de certains traitements tels que l'herceptine de Genentech, efficace contre un type particulier de cancer du sein, et du gleevec de Novartis, une pilule qui a révolutionné le traitement de la leucémie myéloïde chronique.
Les chercheurs savent que le cancer est une maladie génétique, causée par des mutations et autres modifications de l'ADN des cellules. Mais personne n'a mené pour l'heure d'analyse systématique des mutations responsables de diverses tumeurs.
Le projet, intitulé "Atlas génomique du cancer", lancé par l'Institut national du cancer (NCI) et l'Institut national de la recherche sur le génome humain (NHGRI), va tenter de défricher le terrain dans ce domaine.
Le terme générique de "cancer" décrit une variété de maladies - au nombre d'une vingtaine - et quand on parle de "cancer du poumon" ou de "cancer du sein", on occulte la diversité des tumeurs ainsi désignées, qui résultent d'accidents génétiques de nature variée.
Le cancer est la deuxième cause de décès dans la plupart des pays industrialisés, après les maladies cardio-vasculaires, et quelque 60% des malades du cancer sont encore en vie cinq ans après la détection de la maladie.
"Ce projet (...) porte sur les progrès qu'il nous faut faire pour transformer le cancer en une maladie chronique contrôlable qui n'engendre plus la souffrance et la mort qu'elle sème actuellement autour de nous", a déclaré lors d'une conférence de presse le Dr Andrew von Eschenbach, directeur de l'Institut national du cancer.
Les chercheurs ignorent encore quels cancers ils vont étudier en particulier, mais ils pensent qu'ils vont commencer par se concentrer sur un petit nombre d'entre eux, peut-être deux ou trois.
Ils vont prélever des centaines d'échantillons sur des centaines de patients souffrant des tumeurs qu'ils souhaitent étudier, puis utiliser la carte du génome faite par le NHGRI pour tenter d'identifier les modifications génétiques qui caractérisent différents types de cancer.
Plusieurs mutations à l'origine de cancers, telles que les oncogènes, sont déjà connues.
Parmi les plus connus, on peut citer les gènes BRCA1 et BRCA2 du cancer du sein, également impliqués dans certaines formes de cancer des ovaires, le gène p53, identifié dans plusieurs types de tumeurs, et le gène EGFR, visé par l'Iressa d'AstraZeneca et le Tarceva de Genentech et d'OSI Pharmaceutical, qui donnent de bons résultats sur un petit pourcentage de patients atteints de cancers du poumon.
Les chercheurs estiment qu'il doit y en avoir beaucoup d'autres.
"Ce que nous voyons là, c'est le sommet de l'iceberg", estime le Dr Ro DePinho, de l'école médicale de Harvard et de l'Institut du cancer Dana Farber, à Boston. "Il se produit un nombre impressionnant d'altérations génétiques."
Selon DePinho, ce projet devrait "libérer la communauté des chercheurs spécialisés dans la lutte contre le cancer" de la contrainte d'avoir à identifier chaque gène un par un, en leur permettant de se concentrer sur ce que font ces gènes, et d'identifier lesquels il faut cibler avec des traitements.
"Je pense que c'est un tournant dans la recherche biomédicale, et un tournant pour la médecine", a déclaré Anna Barker, directrice adjointe du NCI.
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MessageSujet: La recherche et la cartographie du génome   La recherche et la cartographie du génome Icon_minitimeMar 18 Oct 2005 - 10:25

WINNIPEG, le 14 oct. /CNW/ - M. Geoff Hicks, chercheur principal au
Manitoba Institute of Cell Biology (MICB), un institut conjoint de
l'Université du Manitoba et de CancerCare Manitoba, est codirecteur du volet
canadien de l'International Knockout Mouse Project, un grand projet
international de recherche en génomique qui vise à mieux comprendre les
maladies génétiques humaines. Appuyé par Genome Prairie, grâce à un
financement de Génome Canada, M. Hicks et son équipe collaborent avec des
chercheurs d'ailleurs dans le monde à la création d'une bibliothèque des
mutations génétiques dans les cellules de souris - un puissant outil de
recherche susceptible de faire progresser à grands pas la recherche sur le
cancer et les maladies héréditaires, de même que la recherche de nouveaux

"Ce projet devrait avoir des répercussions de la même ampleur que celles
du séquençage du génome humain, dit M. Hicks, directeur de la génomique
fonctionnelle des mammifères au MICB et titulaire d'une chaire de recherche du
Canada en génomique fonctionnelle. Notre approche nous permettra effectivement
d'identifier et de caractériser plus rapidement les fonctions des gènes murins
et, par conséquent, d'accélérer notre compréhension du rôle des modifications
génétiques dans l'apparition et l'évolution des pathologies humaines."
Les souris font d'excellents modèles de recherche pour l'étude des
maladies humaines.

Il fallait auparavant d'un à deux ans pour produire une
lignée cellulaire d'une seule souris "knockout" : l'approche unique de
M. Hicks qui utilise des techniques de piégeage de gènes, permet au projet et
à ses partenaires internationaux de produire chacun jusqu'à 1000 lignées
cellulaires distinctes par mois. On compte actuellement 16 000 lignées
cellulaires au MICB. Cette collection représente environ 10 % du génome
complet de la souris et elle a entièrement été réalisée à Winnipeg.
M. Reg Alcock, président du Conseil du Trésor et ministre responsable de
la Commission canadienne du blé, a participé aujourd'hui au lancement
télédiffusé dans le Web de ce projet international au nom de l'honorable David L. Emerson, ministre de l'Industrie et ministre responsable de Génome Canada.

Le gouvernement du Canada, par le biais de Génome Canada, investit
6,3 millions de dollars dans ce projet de recherche en génomique de
20,2 millions de dollars.
"Cet investissement du gouvernement fédéral, par l'entremise de Génome
Canada, souligne l'excellence scientifique de la recherche sur les maladies
génétiques humaines qui se fait au Manitoba, a déclaré le ministre Alcock. Le
gouvernement du Canada est résolu à appuyer la recherche en génomique de
calibre mondial qui procurera des avantages socio-économiques à la population

En Italie, M. Octavi Quintana Trias, directeur de la recherche sur la
santé à la Commission européenne, l'organe exécutif de l'Union européenne (UE)
qui finance ce projet, a ajouté que la "collaboration entre le Programme
européen de mutagenèse conditionnelle de souris (EuCOMM) financé par l'UE et
le Projet nord-américain de mutagenèse conditionnelle de la souris (NorCOMM)
est essentiel à l'établissement de la bibliothèque complète des mutants du
génome murin. Cette bibliothèque facilitera considérablement l'identification
des déterminants génétiques qui sont à la base des grandes maladies humaines
comme le cancer."
"La recherche que M. Hicks et ses collaborateurs entreprendront dans le
cadre des projets NorCOMM et EuCOMM concourra à atteindre l'objectif de créer
des souris knockout pour tous les gènes du génome murin, a déclaré M. Dave
Chomiak, ministre de l'Energie, des Sciences et de la Technologie. Cette
réalisation témoigne avec éloquence de l'importante contribution des
chercheurs manitobains à une meilleure compréhension des déterminants
génétiques de la maladie. Nous sommes heureux d'appuyer financièrement cette
recherche de premier plan qui mènera à un plan vivant détaillé des gènes
"Nous sommes particulièrement fiers de l'approbation de ce projet dans le
cadre du rigoureux processus d'évaluation de Génome Canada. Il contribuera
grandement à l'épanouissement du milieu de recherche déjà solidement implanté
au Manitoba et à la mise au point de thérapies novatrices pour le traitement
des maladies génétiques", a souligné M. Arnold Naimark, président du conseil
d'administration de Genome Prairie.
"M. Hicks et son équipe ont mis au point une solution inventive qui
accélérera une étape indispensable et nos efforts pour comprendre des
fonctions vitales des gènes, a ajouté M. Dhali Dhaliwal, président et
directeur général de CancerCare Manitoba. Grâce au projet, nous pourrons mieux
comprendre et améliorer ainsi nos chances de vaincre le cancer."
"Cette recherche nous procurera des nouveaux renseignements très utiles
sur les fonctions des gènes. Comme les génomes des souris et des humains se
recoupent considérablement, les résultats de recherche s'appliqueront à un
large éventail de pathologies humaines qui trouvent leur origine dans la
génétique, a dit M. Emoke Szathmary, président et vice-chancelier de
l'Université du Manitoba. La direction d'un projet international d'une telle
ampleur par M. Hicks illustre bien l'expertise que nous avons développée en
recherche ici."
La part de Génome Canada approuvée dans le cadre de ce grand projet
international est évaluée à 20,2 millions de dollars sur une période de trois
ans (toutes les valeurs sont exprimées en dollars canadiens). La contribution
maximale de Génome Canada s'élèvera à 6,3 millions de dollars. Les partenaires
du cofinancement sont l'Union européenne, les National Institutes of Health
des Etats-Unis, la Province du Manitoba, la Fondation canadienne pour
l'innovation et Core Cryolab Inc.

Dernière édition par le Sam 10 Nov 2007 - 17:20, édité 2 fois
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